主編之專書(論文集)

• 1997年2月，《近代中國政治思潮》，共239頁，台北：稻鄉出版社。
• 1989年5月，《《獨立評論》的民主思想》，共387頁，台北：聯經出版公司。
• 1980年3月，《中山先生的民主思想》，共319頁，台北：商務印書館。

期刊論文

• 2016年6月，〈一九四九變局中的台灣――中華民國與美國政府的認知與台灣菁英認知的比較〉，《台灣史學雜誌》，第20期，頁82-115。
• 2014年3月，〈台灣主體、中國屬島、或其他﹖―論葛超智《被出賣的台灣》所揭露的美國對台政策〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第83期，頁133-156。
• 2012年6月，〈關鍵的一九九一──論「中華民國在台灣」的誕生〉，《思與言》，第50卷第2期，頁33-58。
• 2010年12月，〈從邊疆史到台灣史――世變下郭廷以史學的一個側面〉，《思與言》，第48卷第4期，頁1-22。
• 2010年6月，〈台獨主張的起源與流變〉，《台灣史研究》，第17卷第2期，頁131-169。
• 2009年，〈一九五０年代的胡適與蔣介石〉，《思與言》，第47卷第2期，頁187-216。
• 2008年9月，〈為何考證？如何解讀？──評論黃彰健著《二二八事件真相考證稿》〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第61期，頁155-176。
• 2006年12月，〈彭明敏與海外台獨運動(1964-1972) ——從外交部檔案看到的面向〉，《國史館學術集刊》，第10輯，頁189-220。
• 2003年6月，〈台獨叛亂的虛擬與真實--1961年蘇東啟政治案件研究〉，《台灣史研究》，第10卷第1期，頁141-172。(TSSCI)
• 2001年10月，〈辛亥革命的必要性與必然性問題──評李澤厚的「告別革命」論說〉，《近代中國（紀念辛亥革命專號）》，第145期，頁90-99。
• 2000年3月，〈「自由民族主義」思想家張忠棟〉，《當代》月刊，第151期，頁62-77。
• 1999年12月，〈自由民族主義之一例──論《獨立評論》對中日關係問題的處理〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第32期，頁261-289。
• 1996年12月，〈政權替換與佛教法師的調適──以1949年前後的明真、虛雲、道安、印順為例〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第26期，頁339-367。
• 1994年6月，〈國共鬥爭下的自由主義(1941-1949)〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第23期（下），頁237-266。
• 1990年6月，〈太虛法師的政治思想初探〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第19期，頁279-298。
• 1990年5月，〈民國卅五年政治協商會議述評〉，《歷史月刊》，第28期，頁104-111。
• 1988年11月，〈《獨立評論》有關三民主義的討論〉，《人文及社會科學集刊》，第1卷第1期，頁253-276。
• 1986年12月，〈三○年代的民主與獨裁論戰〉，《東吳政治社會學報》，第10期，頁231-292。
• 1985年12月，〈知識份子參與政治的兩難──以胡適為例的研究〉，《中國政治學會政治學報》，第13期，頁325-369。
• 1985年12月，〈試論孟子的知識份子性格〉，《東吳政治社會學報》，第9期，頁17-28。
• 1982年10月，〈析論梁啟超的新民思想〉，《近代中國》，第31期，頁231-236。

專書(論文集)之一章

• 2018年11月，〈戰後台灣外省菁英的台獨主張 〉，翁聖峰、蘇瑞槍主編，《民主、文化與認同：李筱峰教授榮退學術論文集》，頁348-381。台北：國立台北教育大學台灣文化研究所。
• 2017年12月，〈「紀念二二八」與台灣民族主義：以日本美國的台獨運動為中心〉，許雪姬主編，《七十年後的回顧：紀念二二八事件七十週年學術論文集》，頁483-509。台北：中央研究院台灣史研究所。
• 2016年12月，〈第三次台海危機與首次台灣總統民選〉，戴寶村主編，《總統直選20週年學術研討會論文集》，頁27-42，台北：財團法人吳三連台灣史料基金會。
• 2016年6月，〈從彭案的救援看美國對台獨選項的態度〉，陳儀深、許文堂主編，《傳承與超越：台灣人民自救運動宣言五十週年紀念論文集》，頁337-367，台北：財團法人彭明敏文教基金會。
• 2015年6月，〈1971年中華民國政府對「釣魚台列嶼」政策之形成〉，許文堂主編，《七○年代東亞風雲：台灣與琉球、釣魚台、南海諸島的歸屬問題》，頁21-41，台北：台灣教授協會。
• 2014年6月，〈從兩屬到歸日：強權政治下的琉球歸屬問題〉，李宇平主編，《中國與周邊國家關係》，頁433-451，新北市：稻鄉出版社。
• 2013年8月，〈胡適晚年在台灣〉，中央研究院近代史研究所胡適紀念館授權出版，潘光哲主編，《胡適與現代中國的理想追尋─紀念胡適先生120歲誕辰國際學術研討會論文集》，頁315-331，台北：秀威資訊公司。
• 2012年12月，〈「中國代表權問題」與「台澎地位問題」的關聯─從1971年4月美國國務院發言人風波談起〉，張炎憲、許文堂主編，《台灣地位與中華民國體制》，頁157-180，台北：台灣教授協會出版。
• 2010年12月，〈台獨叛亂或民主運動？——美麗島事件性質解析〉，張炎憲、陳朝海編，《美麗島事件30週年研究論文集》，頁91-107，台北：吳三連台灣史料基金會。
• 2010年4月，〈從「康隆報告」到「台灣關係法」──美國對台政策的曲折歷程〉，台灣教授協會編，《中華民國流亡台灣六十年暨戰後台灣國際處境》，頁15-49，台北：前衛出版社。
• 2009年12月，〈戒嚴時期台獨政治案件研究導論〉，張炎憲、陳美蓉編，《戒嚴時期白色恐怖與轉型正義論文集》，頁209-220，台北：台灣歷史學會、吳三連台灣史料基金會。
• 2009年2月，〈秋後算帳──二二八事件中的「綏靖」與「清鄉」〉，楊振隆總編輯，《大國霸權or小國人權》國際學術研討會論文集，頁841-875，台北：財團法人二二八事件紀念基金會。
• 2008年12月，〈1970年刺蔣案—以外交部檔案為主的研究〉，黃翔瑜執行編輯，《戰後檔案與歷史研究：第九屆中華民國史專題論文集》，頁1073-1093，台北縣新店市：國史館。
• 2007年12月，〈族群衝突、官逼民反與報復屠殺──論二二八事件的性質定位〉，楊振隆編，《二二八事件60週年國際學術研討會：人權與轉型正義學術論文集》，頁313-342，台北市：財團法人二二八事件紀念基金會。
• 2006年2月，〈第三章：南京決策階層的責任〉，陳儀深、張炎憲、陳翠蓮編，《二二八事件責任歸屬研究報告》，頁95-169，台北：財團法人二二八事件紀念基金會。
• 2005年1月，〈台灣制憲運動的回顧〉，周美里編，《台灣新憲法——群策會「台灣新憲法」國際研討會論文集》，頁96-115，台北縣淡水鎮：財團法人群策會。
• 2004年11月，〈中國國民黨的人權觀念〉，李永熾等主編，《人權理論與歷史論文集》，頁316-344，台北縣新店市：國史館。
• 2004年11月，〈美麗島事件研究──背景、經過與影響〉，胡健國編，《二十世紀台灣民主發展》，頁435-466，台北縣新店市：國史館。
• 2003年12月，〈豈止是「維持治安」而已──論蔣介石與台省軍政首長對二二八事件的處置〉，李旺台編，《二二八事件新史料學術論文集》，頁144-161，台北：財團法人二二八事件紀念基金會。
• 2002年12月，〈民主與民族之間：試寫李萬居政治思想的特色〉，胡健國主編，《20世紀台灣歷史與人物》，頁1379-1394，台北縣新店市：國史館。
• 1998年4月，〈偶然或必然？──1997年台灣修憲過程中的政黨合作路線檢討〉，國民大會編印，《中華民國行憲五十年學術研討會論文暨研討實錄》，頁97-108，台北：財團法人二二八事件紀念基金會。
• 1998年2月，〈再探二二八事件處理委員會──關於其政治立場與角色功能的評估〉，張炎憲等編，《二二八事件研究論文集》，頁153-168，台北：吳三連基金會。
• 1997年10月，〈中國自由主義在台灣的延續與沒落〉，游盈隆主編，《民主鞏固或崩潰》，頁189-203，台北：月旦出版社。
• 1994年6月，〈二十世紀上半葉中國民族主義的發展〉，中央研究院近代史研究所編，《認同與國家：近代中西歷史的比較論文集》，頁37-65，台北：中央研究院近代史研究所。
• 1992年，〈論台灣二二八事件的原因〉，二二八民間研究小組等合辦，《二二八學術研討會論文集》，頁27-75，台北：台美文化交流基金會等。
• 1992年，〈中國佛教現代化的嘗試與挫折，1912-1949〉，《1990佛光山國際佛教學術研討會論文集》，頁116-125，高雄市：佛光出版社。
• 1991年，〈中國文藝復興的先驅：胡適〉，張永儁主編，《中國新文明的探索──當代中國思想家》，頁144-166，台北：正中書局。
• 1991年，〈胡適與蔣介石〉，周策縱等合著，《胡適與近代中國》，頁97-112，台北：時報文化出版公司。
• 1990年2月，〈民生主義的性質定位〉，黃文範主編，《孫中山思想與當代世界研討會論文集》，頁179-193，台北：太平洋文化基金會出版。

學術會議(研討會)論文

• 2014年4月，〈保釣運動對中華民國政府釣魚台政策的影響〉，共23頁，發表於「多元視角下的釣魚台問題新論」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2014-04-17~2014-04-18。
• 2013年11月，〈雲嘉二二八再探：口述史與檔案的對照研究〉，共10頁，發表於「新史料與二二八研究」學術研討會，台北：中央研究院台灣史研究所，2013-11-29~2013-11-30。
• 2011年4月，〈1991年台灣的內外政治環境〉，共10頁，發表於台灣民主化關鍵的一九九一—終止動員戡亂時期20週年紀念研討會，台北：群策會、台灣教授協會，2011-04-30~2011-05-01。
• 2010年11月，〈蔣介石日記中的「白色恐怖」蛛絲馬跡〉，共16頁，發表於「戒嚴時期政治事件衝擊與回顧」研討會，台北：財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會，2010-11-13。
• 2005年6月，〈從《自由中國》看五○年代中華民國的國際處境〉，共19頁，發表於「中國近代史的再思考：中央研究院近代史研究所創所五十週年」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2005-06-29 ~ 2005-07-01。
• 2003年3月，〈民國時期的佛教與政治(1912-1949)〉，共21頁，發表於第四屆印順導師思想之理論與實踐學術研討會，桃園：弘誓文教基金會，2003-03-29 ~ 2003-03-30。
• 2002年12月，〈泰源監獄事件研究〉，共14頁，發表於戒嚴時期政治案件專題研討會，台北：財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會，2002-12-10。
• 2001年9月，〈地方政府在救災、重建過程中扮演的角色：以九二一口述訪談紀錄為基礎的討論〉，17頁，發表於九二一震災與社會文化重建研討會，台北：中央研究院民族學研究所、中央研究院台灣史研究所籌備處與行政院國家科學委員會社會科學研究中心，2001-09-17~ 2001-09-19。

學術書評

• 2000年9月，〈聲音的妙用——介紹《過去的聲音‧口述歷史》〉，《誠品好讀》，第3期，頁58。
• 1999年3月，〈蔡玲、馬若孟著，羅珞珈譯：中國第一個民主體系〉，《近代中國史研究通訊》，第27期，頁228-232。
• 1991年9月24、25日，〈事實判斷與道德判斷的糾結──評《悲劇性的開始：一九四七年的台灣二二八暴動》(A Tragic Beginning: The Taiwan Uprising of February 28, 1947)〉，《自由時報》副刊。
• 1989年9月，〈比較三本有關譚嗣同思想研究的著作〉，《近代中國史研究通訊》，第8期，頁185-190。
• 1988年5月，〈Eugene Lubot, Liberalism in an Illiberal Age: New Culture Liberals in Republican China, 1919-1937〉，《歷史月刊》，第4期，頁154-156。

資料彙編(含口述歷史)

• 2018年12月，〈蔡金鏗先生訪問紀錄〉，林東璟、曾冠傑、周維朋助編，《記錄聲音的歷史：台灣口述歷史學會會刊》第9期，頁47-78，台北：台灣口述歷史學會。
• 2017年12月，〈鄭傑光先生訪問紀錄〉，林東璟、曾冠傑、周維朋助編，《記錄聲音的歷史：台灣口述歷史學會會刊》第8期，頁55-85，台北：台灣口述歷史學會。
• 2016年12月，《核彈!間諜? CIA：張憲義訪問紀錄》，共255頁，台北：遠足文化。（主訪）
• 2013年12月，《從建黨到執政―民進黨相關人物訪問記錄》，共463頁，台北：玉山社出版公司。（主訪）
• 2012年11月，《海外台獨運動相關人物口述史（續篇）》，共587頁，台北：中研院近史所。（主訪）
• 2012年6月，《災後十年：九二一地震口述訪問紀錄》，共632頁，台北：中央研究院台灣史研究所。（協同主持）
• 2011年1月，《八八水災口述史：2009-2010災後重建訪問紀錄》，共368頁，台北：前衛出版社。
• 2009年4月，《海外台獨相關人物口述史（口述歷史叢書92）》，共605頁，台北：中央研究院近代史研究所。（主訪）
• 2009年3月，《濁水溪畔二二八──口述歷史訪談錄》，共332頁，台北：草根出版社。（主訪）
• 2008年5月，《郭雨新先生行誼訪談錄》，共427頁，台北縣新店市：國史館。（與張文隆、許文堂共同主訪）
• 2004年4月，《美麗島事件專輯（口述歷史叢書12）》，共442頁，台北：中央研究院近代史研究所。（主訪）
• 2002年8月，《泰源監獄事件專輯（口述歷史叢書11）》，共392頁，台北：中央研究院近代史研究所。（主訪）
• 2001年12月，《九二一震災口述訪問紀錄（上、下）》，共991頁，台北：中央研究院近代史研究所。（擔任主持人，與呂芳上、陳慈玉、謝國興、余安邦、黃蘭翔、沈懷玉共同主訪）
• 2000年12月，《蘇東啟政治案件專輯（口述歷史叢書10）》，共412頁，台北：中央研究院近代史研究所。（主訪）
• 2016年12月，〈王文宏先生訪問紀錄〉，林東璟、曾冠傑、周維朋助編，《記錄聲音的歷史：台灣口述歷史學會會刊》，第7期，頁1-29，台北：台灣口述歷史學會。
• 2016年12月，〈顏松濤先生訪問紀錄〉，林東璟、曾冠傑、周維朋助編，《記錄聲音的歷史：台灣口述歷史學會會刊》，第7期，頁31-51，台北：台灣口述歷史學會。
• 2016年12月，〈李英茂先生訪問紀錄〉，林東璟、曾冠傑、周維朋助編，《記錄聲音的歷史：台灣口述歷史學會會刊》，第7期，頁53-78，台北：台灣口述歷史學會。
• 2016年12月，〈沈懷玉女士訪問紀錄〉，林東璟、曾冠傑、周維朋助編，《記錄聲音的歷史：台灣口述歷史學會會刊》，第7期，頁165-22，台北：台灣口述歷史學會。
• 2016年10月，〈政大歲月．學院人生：閻沁恆先生訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第14期，頁72-114，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2016年10月，〈孫立人義子：揭鈞先生訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第14期，頁115-163，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2016年10月，〈見證嘉義二二八：潘英仁先生訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第14期，頁165-189，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2016年10月，〈情報與反情報的戲劇人生：蔡武雄先生訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第14期，頁191-292，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2013年11月，〈廖運潘先生訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第13期，頁63-82，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2013年11月，〈宗像隆幸先生訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第13期，頁83-120，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2013年11月，〈吳君瑩女士訪問紀錄〉，中央研究院近代史研究所《口述歷史》編輯委員會編輯，《口述歷史》，第13期，頁359-378，台北：中央研究院近代史研究所。
• 2011年12月，〈劉金獅先生訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁21-48，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2011年12月，〈李吉村先生訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁49-63，新北市：國家人權博物館籌備處
• 2011年12月，〈簡中生先生訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁97-128，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2011年12月，〈楊碧川先生訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁149-199，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2011年12月，〈辛俊明先生訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁255-282，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2011年12月，〈余素貞女士訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁283-298，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2011年12月，〈姚嘉文先生訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁299-326，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2011年12月，〈謝秀美女士訪談紀錄〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，頁327-362，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2008年9月，〈謝聰敏先生訪問紀錄〉，彭明敏文教基金會編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁25-72，台北：玉山社。
• 2008年9月，〈謝秀美女士訪問紀錄〉，彭明敏文教基金會編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁73-102，台北：玉山社。（與洪隆邦合訪）
• 2007年12月，〈王葉清梅女士訪問紀錄〉，二二八事件紀念基金會彙編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁7-20，台北：二二八基金會。
• 2007年12月，〈王蔡梅女士訪問紀錄〉，二二八事件紀念基金會彙編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁21-35，台北：二二八基金會。
• 2007年12月，〈林玉英女士訪問紀錄〉，二二八事件紀念基金會彙編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁63-79，台北：二二八基金會。
• 2007年12月，〈郭存禮先生訪問紀錄〉，二二八事件紀念基金會彙編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁119-134，台北：二二八基金會。
• 2007年12月，〈黃壽美女士訪問紀錄〉，二二八事件紀念基金會彙編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁147-156，台北：二二八基金會。
• 2007年12月，〈賴炳鎮先生訪問紀錄〉，二二八事件紀念基金會彙編，《一中一台：台灣自救宣言44周年紀念文集》，頁177-200，台北：二二八基金會。

其他

• 2019年1月，計畫主持人，《一九七九年美麗島(高雄)事件研究――事實經過、文獻史料調查、與口述補訪計畫》，文化部國家人權博物館委託研究案。
• 2018年5月，計畫主持人，《一九七0年泰源事件研究――事實經過、文獻史料調查、與口述補訪計畫》，文化部國家人權博物館籌備處委託研究案。
• 2017年2月，《天猶未光：二二八事件的真相、紀念與究責》，共224頁，台北：前衛。
• 2016年12月31日結案，台北市立文獻館委託，陳儀深（代表彭明敏文教基金會）執行，《陳水扁先生口述歷史訪談紀錄》，約20萬字。
• 2014年2月，（與蘇瑤崇、何義麟、陳翠蓮、張炎憲共同）重譯校註，葛超智，《被出賣的台灣》，共536頁，台北：台灣教授協會。
• 2014年，計畫主持人，文化部國家人權博物館籌備處委託，游藝公司執行之 「台灣戒嚴時期政治受難者關懷協會會員及其相關人物口述歷史訪談計畫」。
• 2013年12月，〈導讀〉，孫文，《三民主義》，黃克武、潘光哲主編叢書「十種影響中華民國建立的書刊」之一，台北：文景書局。
• 2011年12月，〈導讀：白色恐怖、政治受難者與轉型正義〉，劉金獅等口述，黃龍興策劃編輯，《白色跫音：政治受難者及相關人物口述歷史（第一輯）》，新北市：國家人權博物館籌備處。
• 2008年3月，《漂流台灣 虛擬執政》，共416頁，台北：前衛。（政論集）
• 2007年4月，計畫主持人，《綠島人權紀念園區「綠洲山莊（八卦樓）文史資料調查研究」》，行政院文建會文資總管理處籌備委託研究案。
• 2006年7月，計畫主持人，《戒嚴時期軍法審判紀念園區文物調查蒐集暨展示腳本撰寫計畫：台獨案及其他》，行政院文建會中部辦公室委託研究案。
• 2004年12月，計畫主持人，《陽明書屋今昔與人文變遷調查研究》，陽明山國家公園管理處委託研究案。
• 2004年7月，《為台灣辯護：陳儀深政論集》，共335頁，台北：台灣北社。（政論集）
• 2004年5月，《台灣的社會：從移民社會、多元文化到土地認同》（與林美容、葉海煙、林有土等等合撰），共120頁，台北縣淡水鎮：群策會李登輝學校。
• 2004年3月，《台灣國家定位的歷史與理論》（與薛化元、李明峻、胡慶山等合撰），共140頁，台北：玉山社。
• 2002年12月，計畫主持人，《國家人權博物館「二二八事件展示館」之規劃研究》，國家人權博物館籌備處委託案。
• 2002年12月，計畫主持人，《戒嚴時期軍事審判制度之研究──以景美軍法處看守所為例》，行政院文建會中部辦公室委託研究案。
• 1996年5月，《〈芝山岩文化史蹟公園史前文化、人文歷史、視覺景觀等資源調查及居民資源之培育〉研究報告》（與劉益昌、詹素娟、陳亮全共同主持/撰寫），台北市民政局委託。
• 1995年，《誰的民進黨：九０年代台灣反對運動的參與、觀察與批判》，共340頁，台北：前衛出版社。（政論集）
• 1991年，《在人間造政治淨土》，共367頁，台北縣：稻鄉出版社。（政論集）