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1955年2月，本院成立近代史研究所籌備處，聘郭廷以先生為籌備處主任，初期工作重點在於檔案資料之蒐集、中西圖書之添購、研究人員之羅致與訓練，以及研究計畫之釐訂與進行等。1965年4月，正式設所，郭廷以先生任首任所長。其後，梁敬錞先生、王聿均先生、呂實強先生、張玉法先生、陳三井先生、呂芳上先生、陳永發先生、黃克武先生、呂妙芬女士、雷祥麟先生繼任為所長。先後推動兩個5年計畫、增聘人才、舉辦學術會議、進行口述歷史訪問，並興建圖書館、檔案館、研究大樓，陸續充實各種軟硬體設施。60年來，本所已然成為近代史研究的國際重鎮。
本所的研究範圍，為近現代中國在政治、軍事、外交、社會、經濟、文化、思想等各方面的變遷，尤其著重探討現代性（modernity）的形成。除了秉持歷來史學研究的良好傳統與基礎之外，更加強對當代社會、人文與世界的關懷。
為有效推動以上各項重大議題的研究，本所同仁自發性地組織了婦女與性別史研究群、知識史研究群、胡適研究群、城市史研究群、蔣介石研究群、東亞區域研究群、西學與中國研究群及國家與社會研究群等八個研究群，盼能在既有的基礎上，結合擁有共同興趣之所內外同仁，針對近代史上若干重大課題，集中資源，進行長期而深入的研究，以凸顯本所研究重點和特色，取得國際學術界的競爭優勢。
本所歷年來計已出版專書103種、會議論文集42種、資料彙編20種、史料叢刊56種、口述歷史訪問記錄104種、名人日記10種，另出版《中央研究院近代史研究所集刊》、《近代中國婦女史研究》、《口述歷史》等3種刊物；近年來另致力於檔案資料數位化，已建置各種資料庫，提供網上瀏覽使用。其中最重要的研究成果為有關清末自強運動，及中國現代化區域研究的系列專刊；此外在中外關係史、文化史、婦女與性別史等方面，也有重要研究成果出版。