專書、論文集

• 陳永發著，中央研究院八十年院史編纂委員會主編，2008年7月，《追求卓越：中央研究院八十年--卷一、任重道遠（全院篇）》，共378頁，台北：中央研究院。
• 陳永發，2001年，《中國共產革命七十年：從革命奪權到告別革命》，共1146頁，台北：聯經出版公司（民國87年初版，1014頁）。
• 陳永發，1990年6月，《延安的陰影》，共354頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• Yung-fa Chen, 1986, Making Revolution: The Communist Movement in Eastern and Central China, 1937-1945, 690 pages, Berkeley: University of Californ Press.

主編之專書(論文集)

• Pursuing Excellence: Eighty Years of the Academia Sinica, Vol. 1, (追求卓越: 中央研究院八十年》，卷一，任重道遠【全院篇】(Zhuiqiu Zhuoyue: Zhongyang yajiuyuan bashinian ) Taipei: Academia Sinica, 2008, 7, 333p.

期刊論文

• ＜延安的「革命鴉片」:毛澤東的秘密武器＞《二十一世紀》2018年8月號，第168期，頁43-71。
• 〈毛澤東與七千人大會：民主發揚還是文革預演？〉(Mao Zedong and the Conference of Seven Thousand Cadres)，《中央研究院近代史研究所集刊》，期69（2010年9月），頁127-169
• 陳永發，2010年9月，〈毛澤東與七千人大會：民主發揚還是文革預演？〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第69期，頁127-169。
• 陳永發，2005年6月，〈中共建國初期的工商稅收：以天津和上海為中心〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第48期，頁137-187。
• 陳永發，1997年9月，〈「延安模式」的再檢討〉，《新史學》，第8卷第3期，頁95-159。
• 陳永發，1996年3月，〈內戰：毛澤東和土地革命：錯誤判斷還是政治謀略〉，《大陸雜誌》，第92卷第1期，頁9-19；第2期，頁41-48；第3期，頁11-29。
• Yung-fa Chen, Apr. 1994, “The Futian Incident and the Anti-Bolshevik League: The ‘Terror’ and CCP Rovolution”, Republican China, XIX(2), 1-51.
• 陳永發，1993年，〈政治控制和群眾動員：鄂豫皖肅反〉，《大陸雜誌》，第86卷第1期，頁20-38；第2期，頁19-30；第3期，頁24-33。
• 陳永發，1990年12月，〈紅太陽下的罌粟花：鴉片貿易與延安模式〉，《新史學》，第1卷第4期，頁41-117。
• 陳永發，1984年6月，〈從Ralph Thaxton 的研究論抗日時期中共在太行山區及其附近的活動〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第13期，頁333-386。
• Yung-fa Chen, Jul. 1980, “Rural Elections in Wartime Central China: Democratization of Subbureaucracy”, MODERN CHINA, 6(3), 267-310. (SSCI) (IF: 0.714; SSCI ranking: 36.2%)
• Yung-fa Chen, 1979, “The Wartime Bandits and Their Local Rivals: Bandits and Secret Societies”, Selected Papers from the Center for Far Eastern Studies, 3.

專書(論文集)之一章

• ＜抗日戰爭中的國共關係＞(The Relationship between the Nationalist and Communist Party during the Resistance War), 見呂芳上主編，《中國抗日戰爭史新編》(台北；國史館，2015)，頁111-216。
• ＜關鍵的一年---蔣中正與豫湘桂大潰敗＞(The Decisive Year: Chiang Kaishek and the Japanese Ichigo Offensive), 見劉翠溶主編，《中國歷史的再思考》(台北；聯經出版社，2015)，頁111-216。
• ＜「新村」夢碎: 閩西古蛟四十年(1937-1962)＞(The Shattering of Rural Utopianism : Forty Years’s Political and Economic Development in Western Fukien), 見《明清帝國及其近現代轉型》(The Ming-Qing Empire and its Modern Transformation)，台北: 允晨出版社，2011, 頁435-508。
• 〈緒論〉(Introduction)，《明清帝國及其近現代轉型》(The Ming-Qing Empire and its Modern Transformation)，台北: 允晨出版社，2011, 頁1-60。
• ＜毛澤東的評價：從「偉大的無產階級革命家」到「偉大的愛國主義者」〉(Recasting Mao Zhedong: from the Greatest Revolutionary of Proletarian Class to the Greatest Patriot of Chinese Nationalism) in 劉翠溶編 《四分溪論學集》（台北：允晨文化實業股份有限公司，2006年12月），上冊，頁171-247。
• 陳永發，2006年12月，〈對毛澤東的評價：從「偉大的無產階級革命家」到「偉大的愛國主義者」〉，劉翠溶編，《四分溪論學集（上冊）》，頁171-247，台北：允晨文化實業股份有限公司。
• 陳永發，2006年8月，〈導論〉，陳永發編，《兩岸分途：冷戰初期的政經發展》，頁1-29，台北：中央研究院近代史研究所。
• Yung-fa Chen, 1995, “The Blooming Poppy under the Red Sun: The Yan’an Way and the Opium Trade”, editor(s): Tony Saich and Hans van de Ven, New Perspective on the Chinese Communist Revolution, pp. 263-298, New York: M.E. Sharpe.
• Yung-fa Chen, Gregor Benton, 1986, “Moral Economy and the Chinese Revolution: A Critique”, editor(s): University of Amsterdam, Monograph No.32 of the Department of South and Southeast Asian Studies, pp. 112, Netherlands: University of Amsterdam Press.

學術會議(研討會)論文

• 陳永發，2011年10月，〈辛亥革命中的譚延闓 〉，發表於Conference at Harvard in Memory of the 1911 Revolution，美國劍橋：哈佛大學藝術及科學研究所，2011-10-29 ~ 2011-10-30。
• 陳永發，2009年9月，〈中研院數位典藏成果與資源〉，發表於第7屆「兩岸三院資訊技術交流與資源共享」研討會，中國雲南省麗江市：中國科學院計算機網絡信息中心，2009-09-14 ~ 2009-09-18。
• 陳永發，2009年6月，〈新村夢碎：毛澤東、蔣中正和傅伯翠〉，發表於International Academic Conference on the History of PRC State Making，香港：香港中文大學歷史系，2009-06-22 ~ 2009-06-24。
• Yung-fa Chen, Apr. 2009, “Catching up in Class Struggle in the Communist Meca,Gutian,in 1955”, paper presented at The People's Republic of China at 60: An International Assessment, 美國波士頓: 哈佛大學, 2009-04-30 ~ 2009-05-03.
• 陳永發，2008年2月，〈動員與控制：國共兩條路線的競賽〉，發表於Contemporary China: the Current Issues and Perspectives，日本東京：早稻田大學現代中國研究所，2008-02-02。
• 陳永發，2007年6月，〈毛澤東與七千人大會：民主集中制的限制〉，發表於「歷史的對象--毛澤東」國際學術研討會，法國巴黎：法國高等社會科學院，2007-06-07 ~ 2007-06-09。

他類論文

• 陳永發，2012年5月，〈南港憶高華〉，《思想》，第21期，頁333-337。

學術書評

• 〈強迫與志願的結合—評楊奎松《忍不住的「關懷」》〉(Mao Zedong’s Taming Pre-1949 Intellectuals –Orchstration of Coercive and Voluntary Forces: A Review on Yang Kuisong, Chinese Intellectuals and Politics before and after 1949)，見《二十一世紀》2015年4月號，第148期，頁134-151。
• 陳永發，2012年3月，〈評楊天石，《找尋真實的蔣介石：蔣介石日記解讀（二）》〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第75期，頁213-222。
• 陳永發，2010年8月，〈論評陶涵(Jay Taylor)著，《蔣介石與現代中國的痽奮鬥》〉，《傳記文學》，第97卷第2期，頁116-128。
• 陳永發，2010年，〈中共建國初期的歷史——評Jeremy Brown and Paul G. Pickowicz,eds., Dilemmas of Victory: The Early Years of the People's Republic of China〉，《二十一世紀雙月刊》，第12月號，總第122期，頁109-122。
• 陳永發，2008年12月，〈反貪汙與近代中國國家建造——與Patricia Thornton教授商榷〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第62期，頁167-189。。
• 陳永發，2008年6月，〈評楊天石新著《找尋真正的蔣介石——蔣介石日記解讀》〉，《傳記文學》，第92卷第6期，頁110-115。
• 陳永發，2004年6月，〈關於滿州國之建構——評Prasenjit Duara, Sovereignty and Authenticity: Manchukuo and the East Asian Modern〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第44期，頁177-185。
• 陳永發，2003年6月，〈評馬繼森，《外交部文革紀實》〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第40期，頁263-266。
• 陳永發，1997年6月，〈評Hungry Ghosts: Mao’s Secret Famine、《人禍：「大躍進」與大饑荒》、《廬山會議實錄》、《大躍進親歷記》〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第27期，頁319-330。
• Yung-fa Chen, 1995, “評Keith R. Shoppa, Blood Road: The Mystery of Shen Dingyi in Revolutionary China”, Berkeley, California: University of California Press, N/A.