期刊論文

• 吳啟訥，2022，〈從國家語言的角度審視中國歷史的近代轉型〉，《澳門語言學刊》，2022特刊, 117-124。(CSSCI)
• 吳啟訥，2022，〈現代中國「民族」化的潮流與潛流〉，《中國邊政》，225, 77-82。(TSSCI)
• 吳啟訥，2021，〈「多元一體」和「中華民族」的殊途與同歸〉，《思想史》，10 ( 「近代政治思想與行動」專號 ), 98-141。(TSSCI)
• 吳啟訥，2021，〈元朝是中國歷史的一環〉，《歷史評論》，2021年第2期, 88-108。(CSSCI)
• 吳啟訥，2021，〈族群政治形態的流變與中國歷史的近代轉型〉，《新史學》，13, 24-78。(CSSCI)
• 吳啟訥，2020，〈民主化抑或民族主義化？——從歷史視角觀察台灣政治轉型〉，《二十一世紀》，178, 4-15。(A&HCI, TSSCI, THCI, CSSCI)
• 沈雪晨、吳啟訥，2019，〈清乾隆朝平定准噶爾紀功碑碑文考〉，《西北民族論叢》，第19輯，頁71-102; 327-328。(CSSCI)
• 吳啟訥，2018，〈日本的亞洲思維及殖民臺灣初期輿論對戊戌中國知識人的影響〉，《東方學刊》，2018年冬季刊（總第2期），頁17-26。(CSSCI)
• 吳啟訥，2018，〈1950年代新疆突厥語族文字改革方案興廢背後的語言政治史〉，《東亞觀念史集刊》，第14期，頁75-105。(TSSCI)
• 吳啟訥，2017，〈「跨境民族」與中華民族建構〉，《文化縱橫》，2017年12月號，頁112-119。(CSSCI)
• 吳啟訥，2017，〈國民黨在台灣的三民主義實踐及其成敗〉，《原道》，32。(CSSCI)
• 吳啟訥，2017，〈邊疆政治與中國的近代轉型──對中國近代史上邊疆、族群歷史書寫的再思考〉，《原道》，32。(CSSCI)
• 吳啟訥，2017，〈聖人之道為體，喇嘛之道為用──清朝邊疆政治與族群政治架構議〉，《中央民族大學學報（哲學社會科學版）》，2017年第 1 期，頁85-89。(CSSCI)
• 吳啟訥，2016，〈民族區域自治制度的歷史與現實〉，《文化縱橫》，2016年第1期（2月號，總第45期），頁88-93。(CSSCI)
• 吳啟訥，2015，〈抗戰洗禮下少數族群的中華民族化〉，《江海學刊》，期2，146-165。(CSSCI)
• 吳啟訥, 2012, “面對以漢人為主體的中華民國──辛亥變局下少數族群的困境與抉擇”, Korean Studies of Modern Chinese History ( 中國近現代史研究）, 第 56 輯，頁139 - 165. (Others)
• Wu, Zhe, 2010, “Dispersion to Oceania and Developed Asia”, Asian Ethnicity, 11(2), 285-288.
• 吳啟訥，2010，〈新疆現代史研究述評〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第67期, 頁149–184。。(TSSCI)
• 吳啟訥，2009，〈民族自治與中央集權〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第65期，頁 81 - 137。(TSSCI)
• 吳啟訥，2007，〈從國中之國到省中之省〉，《兩岸發展史研究》，第 4 輯，頁217 - 275。(TSSCI)

專書(論文集)之一章

• 吳啟訥，2021，〈虛擬的邊疆，現實的政治──冷戰時期中華民國政府的邊疆政策〉，黃克武編，《隱藏的人群──現代中國的族群與邊疆》，頁133-154，台北：秀威科技。
• 吳啟訥，2019，〈戰時中日地緣政治與族群政治資源的角力〉，林泉忠編，《中日國力消長與東亞秩序重構》，頁269-301，臺北：五南出版公司。
• 吳啟訥，2019，〈蒼茫亞洲，誰主沉浮？抗戰期間中日在地緣政治與族群政治資源上的競逐〉，黃自進編，《邁向和解之路──中日戰爭的再檢討》，頁387-438，臺北：稻鄉出版社。
• 吳啟訥，2018，〈戰爭、民族與國家——抗戰前後雲南土司的困境與抉擇，1942-1952〉，黃自進、潘光哲編，《中日戰爭和東亞變局》，頁433-462，新北市：稻鄉出版社。
• 吳啟訥，2017，〈戦争‧民族‧国家──抗戦前後における雲南土司の苦境と選択：1942 ─ 1952〉，波多野澄雄、久保亨、中村元哉編，《日中終戦と戦後アジアへの展望》，頁207-226，東京：慶應義塾大學出版會。
• 吳啟訥，2016，〈對抗戰的一點思考：抗戰洗禮下少數民族的中華民族化〉，黃自進編，《國共關係與中日戰爭》，頁313-374，台北：稻鄉出版社。
• Zhe Wu（吳啟訥）, 2015, “Caught between “Opposing Han Chauvinism” and “Opposing Local Nationalism””, editor(s): Jeremy Brown and Matthew D. Johnson, Maoism at the Grassroots: Everyday life in China’s Era of High Socialism, pp. 306-339; 441-445, Cambridge, MA, USA: Harvard University Press.
• 吳啟訥，2015，〈第六章：少數民族與抗戰〉，呂芳上編，《中國抗日戰爭史新編‧全民抗戰》，頁250-310，台北：國史館。
• 吳啟訥，2015，〈第三章：「東突厥斯坦伊斯蘭人民共和國」的興衰〉，張玉法、張憲文主編，《中華民國專題史》第十三卷．邊疆與少數民族，頁215-353，南京：南京大學出版社。
• 吳啟訥，2014，〈小歷史的夾縫與大歷史的無限空間〉，西安事變研究會編，《楊虎城將軍誕辰120週年紀念文選》，頁124-130，北京：中央文獻出版社。
• 吳啟訥，2014，〈成也邊關敗也邊關──楊應琚在西北與西南邊疆的政治生涯〉，藍美華編，《漢人在邊疆》，頁69-87，台北：政大出版社。
• 吳啟訥，2014，〈清朝的戰略防衛有異於近代帝國的殖民擴張〉，汪榮祖編，《清帝國性質的商榷── 回應新清史》，頁81-107，台北、桃園：中大出版中心、遠流出版事業股份有限公司。
• 吳啟訥，2013，〈蔣介石的中華民族論述與國民政府的邊疆自治實踐〉，周惠民編，《中國民族觀的摶成》，頁239-287，台北：政大出版社。
• 吳啟訥，2013，〈中華民族宗族論與中華民國的邊疆自治實踐〉，黃自進、潘光哲編，《蔣介石與現代中國的形塑，第一冊：領袖的淬練》，頁161-212，台北：中央研究院近代史研究所。
• 吳啟訥，2013，〈革命邊緣的悸動──蒙、藏等邊疆民族在民國肇建前後的抉擇〉，吳淑鳳、薛月順、張世瑛編，《近代國家的形塑──中華民國建國一百年國際學術討論會論文集（上冊）》，頁177-204，台北：國史館。
• 吳啟訥, translated by 裴京漢, 2013, “面對以漢人為主體的中華民國──辛亥變局下少數族群的困惑與抉擇”, editor(s): 裴京漢, 東亞史上的辛亥革命, pp. 262 - 299, Seoul: Hanul Books.
• 吳啟訥，2012，〈人群分類與國族整合──中共民族識別政策的歷史線索和政治面向〉，余敏玲編，《兩岸分治：學術建制、圖像宣傳與族群政治》，頁319 - 393，台北：中央研究院近代史研究所。
• 吳啟訥, translated by 裴京漢, 2012, “面對以漢人為主體的中華民國”, editor(s): 裴京漢, The International Conference on 1911 Revolution in East Asia, pp. 231 - 269, Seoul: 韓國東北亞歷史財團.

學術會議(研討會)論文

• 吳啟訥，2019，〈抗戰與中國邊疆的近代轉型〉，共40頁，發表於「經典與前沿：中國邊疆史地研究的新境」國際學術研討會，成都：四川大學：四川大學邊疆史地教研中心，2019-07-06 ~ 2019-07-07。
• 吳啟訥，2019，〈抗戰與中國西部的近代轉型〉，共25頁，發表於「近代中國區域發展與政治文化變遷」研習會議，長春：東北師範大學：東北師範大學、華中師範大學、中央研究院近代史研究所，2019-07-08 ~ 2019-07-13。
• 吳啟訥，2019，〈國共族群政治實踐的比較〉，共20頁，發表於院主題計畫「國共兩黨比較研究」2019年度會議，北京：北京大學歷史系：北京大學歷史系、中央研究院近代史研究所，2019-07-15 ~ 2019-07-19。
• 吳啟訥，2019，〈抗日戰爭與國族建構〉，共55頁，發表於「戰爭與動員」國際學術研討會，西安：陝西師範大學：陝西師範大學、中國社會科學院近代史研究所、《抗戰史研究》，2019-06-14 ~ 2019-06-16。
• 吳啟訥，2019，〈冷戰時期台灣的大陸邊疆政策：設計與實踐〉，共33頁，發表於冷戰時期兩岸歷史學術研討會，武漢：武漢大學國際關係學院：武漢大學國際關係學院，2019-04-13。
• 吳啟訥，2018，〈中國中亞的地緣政治、族群政治與意識形態政治：過去與未來〉，共50頁，發表於International Research-Exchange Forum on Future of East Asia and Ryukyu，日本國沖繩縣那霸市：Ryukyu Future Forum Committee，2018-11-16 ~ 2018-11-20。
• 吳啟訥，2018，〈國民黨與共產黨在中國族群政治思維上的同與異〉，共27頁，發表於「邊疆發展中國論壇2018」國際學術研討會，北京：中央民族大學：中央民族大學，2018-10-13 ~ 2018-10-14。
• 吳啟訥，2018，〈從甲午到戊戌──邊疆新政的準備期〉，共19頁，發表於重思近代中國關鍵問題，紀念戊戌變法120週年工作坊，上海：復旦大學：復旦大學中國研究院，2018-08-21 ~ 2018-08-22。
• 吳啟訥，2018，〈族群政治與近代國家的形成〉，共35頁，發表於通商口岸與近代世界的形成，湖北宜昌：三峽大學：南開大學、中國近代史學會，2018-07-03 ~ 2018-07-08。
• 吳啟訥，2018，〈少數族群在中國革命中的身分──國民黨與共產黨的比較〉，共32頁，發表於書寫與認同：近代中國的歷史敘述和記憶政治，上海：復旦大學：復旦大學歷史系，2018-07-14 ~ 2018-07-16。
• 吳啟訥，2017，〈近代中國的族群政治架構與中國的近代轉型〉，共36頁，發表於「文化、歷史與國家形構：近代中國族群邊界與少數民族的建構歷程」第二年度工作坊，中國湖南省吉首市：吉首大學：中央研究院、吉首大學歷史文化學院、中央民族大學，2017-12-06 ~ 2017-12-07。
• 吳啟訥，2017，〈族群政治觀念與實踐：國民黨和共產黨的比較〉，共52頁，發表於中國社會科學論壇（史學2017）：「中共革命的理念、行動及特徵」國際學術研討會，山東省濟南市：山東大學：中國社會科學院近代史研究所，2017-11-03 ~ 2017-11-06。
• 吳啟訥，2017，〈達延汗與中國近代轉型的開端〉，共28頁，發表於達延汗逝世500週年紀念國際學術研討會，北京：中國民族史學會，2017-09-25 ~ 2017-09-27。
• 吳啟訥，2017，〈從族群政治的角度解讀中華文化的近代轉型和中國的近代轉型〉，共32頁，發表於2017國際學術高峰論壇，香港理工大學：香港「中華學術教育交流學會」，2017-06-16 ~ 2017-06-18。
• 吳啟訥，2016，〈近代中國的族群政治架構與中國的近代轉型〉，共36頁，發表於「文化、歷史與國家形構：近代中國族群邊界與少數民族的建構歷程」第二年度工作坊，北京：中央民族大學：中央研究院、吉首大學歷史文化學院、中央民族大學，2016-12-09。
• 吳啟訥，2016，〈虛擬的邊疆，現實的政治──冷戰時期台北當局的邊疆政策〉，共36頁，發表於「邊疆民族與中外關係」國際學術研討會，中國廣州：暨南大學：暨南大學中外關係研究所，2016-11-11 ~ 2016-11-13。
• 吳啟訥, 2016, “Frontier policy of the Republic of China during the Cold War冷戰時期中華民國的邊疆政策”, 30 pages, paper presented at The Chinese Civil War and the Cold War: the Regional Impact” International Conference, 英國(United Kingdom)卡的夫,威爾士(Cardiff,Wales): Cardiff University, 2016-10-27 ~ 2016-10-29.
• 吳啟訥, 2016, “Frontier policy of the Republic of China during the Cold War”, 26 pages, paper presented at "The Chinese Civil War and the Cold War: the Regional Impact" International Conference, Cardiff, UK: Cardiff University, 2016-10-27 ~ 2016-10-29.
• 吳啟訥，2016，〈清朝邊疆政治與族群政治架構議〉，共27頁，發表於牙含章先生誕辰100週年國際學術研討會，中國社會科學院民族學與人類學研究所：中國社會科學院民族學與人類學研究所、中國藏學研究中心、中央民族大學、中國民族研究團體聯合會、中國民族理論學會，2016-10-10 ~ 2016-10-11。
• 吳啟訥，2016，〈介於黃白、紅綠之間──中蘇恩怨下維吾爾身分的妥協〉，共20頁，發表於「內陸與海洋」國際學術研討會，那霸：Japan-Eurasia Society，2016-07-08 ~ 2016-07-11。
• 吳啟訥，2016，〈聖人之道為體，喇嘛之道為用──清朝邊疆政治與族群政治架構〉，共17頁，發表於文教北傳與天下秩序的擴展──紀念歸綏土默特官學興學290周年國際學術研討會，呼和浩特：弘道書院、內蒙古自治區哲學學會，2016-07-20 ~ 2016-07-23。
• 吳啟訥，2016，〈戰後國際秩序遺忘的角落〉，共12頁，發表於第二屆琉球‧沖繩前沿學術問題國際研討會，北京大學國際會議中心：北京大學歷史系，2016-05-14 ~ 2016-05-18。
• 吳啟訥，2015，〈泛伊斯蘭主義、泛突厥主義抑或現代維吾爾民族主義〉，共46頁，發表於「近代中國的族群、民族與邊界」學術研討會，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2015-12-15。
• 吳啟訥，2015，〈戰爭、民族與國家〉，共18頁，發表於「中日戰爭衝擊下的亞洲」國際學術研討會，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2015-12-19 ~ 2019-12-20。
• Wu, Zhe, 2015, “Beijing's policy drift toward Ethnic Issues in Xinjiang, Early 1950s to Early 1960s”, 38 pages, paper presented at International Conference on “Xinjiang in the context of Central Eurasian transformations”, The University of Tokyo: Department of Islamic Area Studies, Center for Evolving Humanities, Graduate School of Humanities and Sociology, the University of Tokyo (TIAS), 2015-12-18 ~ 2015-12-19.
• 吳啟訥，2015，〈雲南土司在戰爭中和戰後的困境與抉擇：1942─1952〉，共18頁，發表於戦争・対立から平和へー歴史研究の現場からのメッセージー，日本國千葉縣，千葉工科大學：日本華人教授會議，2015-11-21 ~ 2015-11-22。
• Wu, Zhe, 2015, “Left-wing Nationalist Movement of Turkic Moslems in Xinjiang”, 22 pages, paper presented at 第七屆東方外交史國際學術會議, 克拉斯諾亞爾斯克：俄羅斯西伯利亞聯邦大學: 俄羅斯西伯利亞聯邦大學世界歷史系, 2015-06-29 ~ 2015-07-02.
• 吳啟訥，2015，〈維吾爾現代教育運動與五四運動的異同〉，共2頁，發表於「文化、歷史與國家形構：近代中國族群邊界與少數民族的建構歷程」工作坊，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2015-04-17。
• 吳啟訥, 2014, “The Beneficiary of Cold War and the Victim of Cold War Transition ──The Destiny of Left-wing Nationalist Movement of Turkic Moslems in Xinjiang, 1940’s~1960’s”, 12 pages, paper presented at Cold Front: the Chinese Cold War Experice in Comparison, 香港中文大學: 香港中文大學人文研究中心, 2014-09-15 ~ 2014-09-16.
• 吳啟訥，2014，〈與社會主義接軌──1950 年代新疆突厥語族文字拉丁化方案興廢背後的語言政治史〉，共22頁，發表於「全球視野下的中國近代史研究」國際學術研討會，中央研究院：中央研究院近代史研究所，2014-08-11 ~ 2014-08-13。
• 吳啟訥，2013，〈小歷史的夾縫與大歷史的無限空間〉，共22頁，發表於楊虎城誕辰120週年國際學術研討會，陝西省西安市西北大學：西北大學歷史系、西安事變研究會，2013-11-25 ~ 2013-11-26。
• 吳啟訥，2013，〈在信仰、民族、國家與政治之間──1930 ~ 40年代青海馬家軍與西藏、中共、日本及蘇、蒙的軍事衝突〉，共12頁，發表於國共關係與中日戰爭國際學術研討會，中央研究院近代史研究所檔案館：中央研究院近代史研究所，2013-11-01 ~ 2013-11-03。
• 吳啟訥，2013，〈在漢滿蒙回藏之間──楊應琚的政治生涯〉，共19頁，發表於「民族互動與文化書寫──漢人在邊疆」學術研討會，國立政治大學：國立政治大學人文中心「現代中國的形塑」研究計畫「少數民族與現代中國的形塑」研究團隊，2013-06-20。
• 吳啟訥，2013，〈雲南跨境族群身分確認的歷史文化淵源與現代政治背景〉，共2頁，發表於「原住民與少數民族﹕概念﹑政策與現實」國際學術研討會，台灣省南投縣國立中興大學惠蓀林場研習中心：國立中興大學文學院、國立中興大學人文與社會科學研究中心，2013-04-19 ~ 2013-04-20。
• 吳啟訥，2012，〈現代中國民族政策的轉折與連續〉，共22頁，發表於「中國民族問題的現狀和課題」學術座談會，首爾：韓國東北亞歷史財團，2012-12-05 ~ 2012-12-08。
• 吳啟訥，2012，〈 殖民擴張與戰略防衛〉，共12頁，發表於清帝國性質研討工作坊，桃園縣中壢市：中央大學人文研究中心；中央大學明清研究中心，2012-11-30。
• 吳啟訥，2012，〈浪漫化的兩岸研究與面向真實的兩岸研究〉，共20頁，發表於海峽兩岸現代中國研究現狀研討會，大陸上海市：上海社會科學院，2012-10-09 ~ 2012-10-12。
• 吳啟訥，2012，〈辛亥變局下少數族群的困境與抉擇〉，共28頁，發表於近代國家的型塑：中華民國建國一百年國際學術討論會，台北市：國史館，2012-09-13 ~ 2012-09-14。
• 吳啟訥，2012，〈Facing the Han-dominated Republic of China – The Dilemma and Choices of Ethnic Minorities〉，共20頁，發表於Reform and Revolution: In commemoration of the Xinhai Revolution and 100 years of state building，奧地利維也納：Institut für Ostasienwissenschaften der Universität Wien，2012-01-08 ~ 2012-01-12。
• 吳啟訥，2011，〈1911年革命與蒙古草原和藏語區的命運〉，共20頁，發表於「國家治理與民族認同」學術研討會，國立政治大學：國立政治大學人文中心「現代中國的形塑」研究計畫「少數民族與現代中國的形塑」研究團隊，2011-12-17。
• 吳啟訥，2011，〈面對以漢人為主體的中華民國〉，共31頁，發表於The International Conference on 1911 Revolution in East Asia，Seoul, Korea：Northeast Asian History Foundation，2011-11-11 ~ 2011-11-12。
• 吳啟訥，2011，〈少數族群在辛亥變局前後的困境與選擇〉，共29頁，發表於「辛亥革命暨南京臨時政府成立」國際學術研討會，南京：南京大學、中國第二歷史檔案館，2011-10-15 ~ 2011-10-19。
• 吳啟訥，2011，〈國民政府的民族論述與邊疆政治模式〉，共31頁，發表於海峽兩岸少數民族事務與政策實踐學術研討會，青海省西寧市：中國社會科學院民族學與人類學研究所，2011-08-15 ~ 2011-08-19。
• 吳啟訥，2011，〈中華民族宗族論與中華民國邊疆自治實踐〉，共44頁，發表於「蔣介石與現代中國再評價」國際學術研討會，中央研究院近代史研究所檔案館：中央研究院近代史研究所，2011-06-27 ~ 2011-06-29。
• 吳啟訥，2010，〈中華民族宗族論與邊疆自治實踐〉，共24頁，發表於蔣介石的權力網絡及其政治運作學術研討會，中國社會科學院近代史研究所：中央研究院近代史研究所／中國社會科學院近代史研究所，2010-09-03 ~ 2010-09-06。
• 吳啟訥，2008，〈近代中國的抉擇：中亞與台灣〉，共38頁，發表於第八屆「台灣與中亞論壇」，桃園縣中壢市：清雲科技大學歐亞研究中心：清雲科技大學歐亞研究中心，2008-09-20 ~ 2008-09-21。
• 吳啟訥，2008，〈1950年代中共的民族識別和民族區域自治政策〉，共38頁，發表於冷戰時期兩岸政治與社會研討會，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2008-06-19 ~ 2008-06-21。
• 吳啟訥 吳喆 ，2005，〈「加盟共和國」或「民族區域自治」？──1950年代初期新疆突厥穆斯林民族主義與中共的角力〉，共36頁，發表於第一屆當代中國研究博士論壇，香港中文大學中國研究服務中心：香港中文大學中國研究服務中心，2005-01-19 ~ 2005-01-21。
• 吳啟訥 吳喆 ，2004，〈十字路口的新疆〉，共30頁，發表於冷戰時期海峽兩岸歷史第一屆研究生工作坊，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2004-09-09 ~ 2004-09-10。

學位論文

• 吳啟訥，2006，〈新疆：民族認同、國際競爭與中國革命，1944 – 1962〉，共828頁，歷史學研究所，國立臺灣大學。

他類論文

• 吳啟訥，2019，〈摘下有色眼鏡，理性看待「再教育營」的虛與實〉，《多維》，總第41期，頁122-125。
• 吳啟訥，2014，〈中華民族宗族論與中華民國的邊疆自治實踐〉，《領導者》，總第57期, 頁64-83。
• Julia Strauss 著, （吳啟訥）譯，2010，〈足食興邦──1950年代兩岸政權建立初期江南與臺灣的稻米供應〉，《改革與改造──冷戰初期兩岸的糧食、土地與工商業變革》，21 - 46。
• 吳啟訥 吳喆 ，2002，〈中國：大家都等著你的答案〉，《華美族與911浩劫》，2。
• 吳啟訥 吳喆 ；與孫慧敏合譯，2000，〈中國與「非西方」世界的歷史研究之若干新趨勢〉，《新史學》，第11卷第3期。

學術書評

• 吳啟訥，2021，評張鈞凱〈民族主義與臺灣主體性：「匪諜之子」王曉波的臺灣史研究〉，《臺灣社會研究季刊》，第118期, 299-302。
• 吳啟訥，2019，〈趙樹岡，《星火與香火：大眾文化與地方歷史視野下的中共國家形構》〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第104期，頁111-117。
• 吳啟訥，2018，〈我讀《中國的印度戰爭》〉，《中國的印度戰爭》（台北：馬可孛羅出版社，2018），341-354。
• 吳啟訥，2018，〈評Ondřej Klimeš, Struggle by the Pen: The Uyghur〉，《漢學研究》，第36卷第2期，頁273-276。
• 吳啟訥 吳喆，2004，〈在雙重身分與二元認同之間 ── 讀 Jonathan Lipman, Familiar Strangers和張中復《清代西北回民事變》〉，《新史學》，第15卷第2期，頁。
• 吳啟訥 吳喆，2002，〈David Wang, Under the Soviet Shadow, The Yining Incident〉，《新史學》，第13卷第4期。
• 吳啟訥 吳喆 ，2001，〈容閎以後的故事 ── 留美史研究叢書評介〉，《近代中國史研究通訊》，第31期。