專書、論文集

• 呂妙芬，2017，《成聖與家庭人倫: 宗教對話脈絡下的明清之際儒學》，共403頁，台北：聯經出版公司。
• 蘇國賢、 呂妙芬 、章英華、黃寬重，2013，《學術自主與控管之間：臺灣人文與社會科學的學術專業化》，共307頁，臺北：臺大出版中心。
• 呂妙芬，2011，《孝治天下：孝經與近世中國的政治與文化》，共395頁，臺北：聯經出版公司。
• 呂妙芬，2003，《陽明學士人社群──歷史、思想與實踐》，共484頁，中央研究院近代史研究所。
• 呂妙芬，1996，《胡居仁與陳獻章》，共194頁，臺北：文津出版社。

主編之專書(論文集)

• 呂妙芬、康豹，2020，《五四運動與中國宗教的調適與發展》，共699頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 呂妙芬，2015，《明清思想與文化》，共458頁，北京：世界圖書出版公司。
• 呂妙芬，2013，《近世中國的儒學與書籍──家庭、宗教、物質的網絡》，共249頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 呂妙芬，羅久蓉，2003，《無聲之聲：近代中國婦女與文化，1600-1950》，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 呂妙芬、熊秉真，1999，《禮教與情慾：前近代中國文化中的後／現代性》，臺北：中央研究院近代史研究所。

期刊論文

• 呂妙芬，accepted，〈另類的儒耶對話──《天主實義》與明清儒學〉，《中國文化研究所學報》。
• 林峻煒、呂妙芬 ，2023，〈與至聖之靈相通: 鄧逢光與徐謙的儒教實踐〉，《思與言》，61(1), 235-289。
• 呂妙芬，2022，〈王廷佐與潘德輿的「人鬼說」──清中晚期儒學生死觀與鬼神論〉，《思想史》，11, 190-246。
• 呂妙芬，2021，〈史學大師的思想史視野──從《宋明理學與政治文化》談起〉，《中國文哲研究通訊》，31(4), 45-47。
• 呂妙芬，2021，〈「明代學術思想史」專號導言〉，《明代研究》，26, 1-6。
• Lu Miaw-fen, 2020, “L’amitié et la piété filiale chez les Néo-Confucianistes de la Dynastie Ming”, Diogéne, (265-266), 61-84.
• 呂妙芬，2020，清初到民國〈西銘〉的多元詮釋，《南開史學》，2020年第1期，頁109-142。
• 呂妙芬，2019，〈以天為本的經世之學—安世鳳《尊孔錄》與幾個清儒個案〉(Confucian Statecraft and the Notion of Heaven: An Shifeng's Zunkonglu and Cases from the Qing)，《漢學研究》，37(3), 89-130。(THCI)
• 呂妙芬，2018，〈耶穌是孝子嗎？ 明末到民初漢語基督宗教文獻中論孝的變化〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，99期，頁1-46。(THCI)
• Lu, Miaw-fen, 2017, “The Cult of Confucius as Family Ritual in Late Imperial China”, The Chinese Historical Review, 2017-3, 21-40. (Scopus)
• 呂妙芬，2016，〈明清士人在家拜聖賢的禮儀實踐〉，《台大歷史學報》，第57卷，頁229-268。
• 呂妙芬，2014，〈杜文煥會宗三教〉，《明代研究》，2014年, 47-89。(THCI)
• 呂妙芬，2014，〈儒門聖賢皆孝子:明清之際理學關於成聖與家庭人倫的論述〉，《清華學報》，第44.4卷，頁629-660。(THCI)
• 呂妙芬，2013，〈王嗣槐《太極圖說論》研究〉，《臺大文史哲學報》，第79卷，頁1-34。(THCI)
• 呂妙芬，2012，〈楊屾知本提綱研究：十八世紀儒學與外來宗教融合之例〉，《中國文哲研究集刊》，83-127。(THCI)
• 呂妙芬，2012，〈從儒釋耶三教會遇的背景閱讀謝文洊〉，《新史學》，23卷1期，頁105-158。(THCI)
• 呂妙芬，2010，〈臺灣新史學風潮下的儒學研究：以歷史學門為主的觀察〉，《漢學研究通訊》，29:3, 頁8-18.。(THCI)
• 呂妙芬，2010，〈女子與小人可談道：楊甲仁性命之學的日用場景〉，《新史學》，21卷2期，頁61-106。(THCI)
• 呂妙芬，2010，〈明清之際的關學與張載思想的復興：地域與跨地域因素的省思〉，《中國哲學與文化》，輯7，頁25-58。
• Miaw-fen Lu, 2010, “The Rediscovery of Zhang Zai in the Ming-Qing Transition”, Ming Qing Studies, (2010),pp.83-119..
• 呂妙芬，2008，〈西銘〉為《孝經》之正傳？－－論晚明仁孝關係的新意涵，《中央研究院中國文哲研究集刊》，33期，頁139-172。(THCI)
• 呂妙芬，2008，〈做為蒙學與女教讀本的《孝經》：兼論其文本定位的歷史變化〉，《臺大歷史學報》，期41，頁1-62。(THCI)
• 呂妙芬，2008，〈做為儀式性文本的《孝經》：明清士人《孝經》實踐的個案研究〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，期60，頁1-43。(THCI)
• 呂妙芬，2007，〈明清中國萬里尋親的文化實踐〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》，第78本，頁359-406。(THCI)
• Lu, Miaw-Fen, 2006, “Religious Dimensions of Filial Piety as Developed in Late Ming Interpretations of the Xiaojing”, Late Imperial China, 27(2), pp. 1-37.. (THCI)
• 呂妙芬，2005，〈晚明《孝經》論述的宗教性意涵：虞淳熙的孝論及其文化脈絡〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第48輯，頁1-46。(THCI)
• 呂妙芬，2004，〈晚明士人論《孝經》與政治教化〉，《臺大文史哲學報》，61期，頁223-260。(THCI)
• 呂妙芬，2003，〈施閏章的家庭記憶與自我認同〉，《漢學研究》，卷21期2，頁305-326。(THCI)
• 呂妙芬，2002，〈晚明江右陽明學者的地域認同與講學風格〉，《臺大文史哲學報》，期56，頁285-326。
• 呂妙芬，2001，〈明代吉安府的陽明講會活動〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，期35,頁197-272。(THCI)
• 呂妙芬，2001，〈明代寧國府的講會活動〉，《新史學》，卷12期1，頁53-114。(THCI)
• 呂妙芬，1999，〈儒釋交融的聖人觀：從晚明儒家聖人與菩薩形象相似處及對生死議題的關注談起〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，期32，頁165-208。(THCI)
• 呂妙芬，1999，〈陽明學者的講會與友論〉，《漢學研究》，卷17期1，頁79-104。(THCI)
• 呂妙芬，1999，〈陽明學派的建構與發展〉，《清華學報》，卷29期2，頁167-203。
• 呂妙芬，1998，〈聖學教化的弔詭：對晚明陽明學的一些觀察〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，期30，頁29-64。(THCI)
• 呂妙芬，1998，〈陽明學講會〉，《新史學》，卷9期2，頁45-87。(THCI)
• 呂妙芬，1997，〈 顏子之傳：一個為陽明學爭取正統的聲音〉，《漢學研究》，卷15期1，頁73-92。(THCI)

專書(論文集)之一章

• 呂妙芬，2021，〈臺灣漢學四十年──裂變與跨界的思想史研究〉，耿立群編，《深耕與茁壯──臺灣漢學四十回顧與展望》，頁335-368，臺北：漢學研究中心。
• 呂妙芬、康豹，2020，〈五四運動與中國宗教的調適與發展---導論〉，呂妙芬、康豹編，《五四運動與中國宗教的調適與發展》，頁1-17，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 呂妙芬，2020，〈本色基督教與儒學傳統 : 以1920年代、1930年代為主的討論〉，呂妙芬、康豹編，《五四運動與中國宗教的調適與發展》，頁419-448，臺北：中央研究院近代史研究所。
• Lu, Miaw-fen, 2017, ““The Reception of the Classic of Filial Piety from Medieval to Late Imperial China””, editor(s): Paul R. Goldin, A Concise Companion to Confucius, pp. 268, 285: Wiley-Blackwell.
• 呂妙芬，2013，〈明清之際儒學生死觀的新發展〉，呂妙芬編，《近世中國的儒學與書籍──家庭、宗教、物質的網絡》，頁103-130，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 呂妙芬, 2012, “歷史轉型中的明代心學”, editor(s): 陳弱水, 中國史新論思想史分冊, pp. 317-352, 臺北: 中央研究院、聯經出版公司.
• 呂妙芬，2012，〈性別視野中的儒學思想史新貌〉，劉詠聰編，《性別視野中的中國歷史新貌》，頁68-79，北京：社會科學文獻出版社。
• 呂妙芬，2010，〈晚明到清初《孝經》詮釋的變化〉，林維杰、邱黃海編，《理解、詮釋與儒家傳統：中國觀點》，頁137-191，臺北：中央研究院中國文哲研究所。
• 呂妙芬，2005，〈顏元生命思想中的家禮實踐與「家庭」的意涵〉，高明士編，《東亞傳統家禮、教育與國法（一）── 家族、家禮與教育》，頁143-196，台北：台灣大學出版中心。
• 呂妙芬，2005，〈清初河南的理學復興與孝弟禮法教育〉，高明士編，《東亞傳統教育與學禮學規》，頁177-223，台北：台灣大學出版中心。
• 呂妙芬，2005，〈對明清教育史研究的幾點觀察〉，高明士編，《東亞教育史研究的回顧與展望》，頁193-210，台北：台灣大學出版中心。
• 呂妙芬，2003，〈婦女與明代理學的性命追求〉，羅久蓉，呂妙芬編，《無聲之聲：近代中國婦女與文化，1600-1950》，頁133-172，臺北：中央研究院近代史研究所。

學術會議(研討會)論文

• 呂妙芬，2022，〈許三禮的家世家學與《聖孝廣義》的政治意涵〉，共27頁，發表於清代政治視野下的經學研究學術研討會，中研院中國文哲研究所：中研院中國文哲研究所，2022-11-3 ~ 2022-11-4。
• 呂妙芬、林峻煒，2021，〈與至聖之靈相通: 鄧逢光與徐謙的儒教實踐〉，共26頁，發表於2021明清研究國際學術研討會，線上會議：中央研究院，2021-12-15 ~ 2021-12-17。
• 呂妙芬，2020，〈王廷佐與潘德輿的"人鬼說" : 清中晚期儒學生死觀與鬼神論〉，發表於清代中晚期學術思想史，中央研究院：中央研究院近史所，2020-11-12 ~ 2020-11-13。
• 呂妙芬，2020，〈迂迴的儒耶對話？―《天主實義》與明清儒學〉，發表於中央研究院近代史研究所學術討論會，中研院近史所：中研院近史所，2020-09-24。
• 呂妙芬，2019，〈〈西銘〉詮釋的現代轉折〉，發表於紀念鄭天挺先生誕辰120週年暨第五屆明清史國際學術研討會，南開大學：南開大學，2019-09-10 ~ 2019-09-11。
• 呂妙芬，2018，〈本色基督教與儒學傳統〉，發表於五四運動與中國宗教的發展國際學術研討會，中央研究院：中央研究院近代史研究所，2018-11-22 ~ 2018-11-24。
• 呂妙芬，2017，〈儒學本天、儒學經世: 以安世鳳尊孔錄為主的討論〉，共28頁，發表於2017明清研究國際學術研討會，中央研究院：中央研究院明清研究推動委員會，2017-12-18 ~ 2017-12-20。
• 呂妙芬，2017，〈本色基督教與儒學傳統: 以1920-30年代為主的討論〉，共20頁，發表於五四運動與中國宗教發展學術研討會，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2017-11-23 ~ 2017-11-25。
• 呂妙芬，2016，〈耶穌是孝子嗎? 17至20世紀在華基督宗教論述的變化〉，共29頁，發表於跨區域與跨文化的接遇國際學術研討會，中央研究院近代史：中央研究院近史所，2016-12-01 ~ 2016-12-02。
• 呂妙芬，2016，〈明清之際儒學的人性論述: 兼論天主教作為思想資源的可能性〉，共31頁，發表於明末清初學術思想史再探國際學術研討會，中央研究院近史所：中央研究院近史所、史語所，2016-06-23 ~ 2016-06-25。
• 呂妙芬，2015，〈聖人處兄弟之變：明清儒者對《孟子》舜象故事的討論〉，共30頁，發表於2015中央研究院明清研究國際學術研討會，中央研究院：中央研究院明清研究推動委員會，2015-12-10 ~ 2015-12-11。
• 呂妙芬，2015，〈夫婦之倫: 明清儒者的論述與實踐〉，共28頁，發表於科技史、思想史、文化史的分際與融合: 艾爾曼教授榮退學術研討會，復但大學：復旦大學中華文明國際研究中心，2015-12-28 ~ 2015-12-29。
• Lu, Miaw-fen, 2015, “Household worship of Confucian sages and worthies by Ming-Qing Confucians”, 26 pages, paper presented at 129th AHA Annual Meeting, New York: American Historical Association, 2015-01-02 ~ 2015-01-05.
• 呂妙芬，2014，〈清儒居家拜聖的實踐〉，共23頁，發表於明末清初學術思想史再探第二年工作會議，福建武夷山：蔣基會研究計畫、中研院近史所，2014-10-24 ~ 2014-10-27。
• 呂妙芬，2013，〈從杜文煥、涂宗濬看晚明儒學與宗教的交涉〉，共27頁，發表於儒學與宗教互動和對話，新加坡：新加坡儒學會，2013-11-23 ~ 2013-11-24。
• Miaw-fen Lu, 2013, “The Question of Life and Death and the Pursuit of the Tao: Li Zhi in Ming-Qing Intellectual History”, 33 pages, paper presented at WRITING, VIRTUES, and the SOCIAL WORLD: Li Zhi and 16th-Century China, University of Chicago: University of Chicago, 2013-10-18 ~ 2013-10-19.
• 呂妙芬, 2012, “王嗣槐太極圖說論研究”, 24 pages, paper presented at 明清學術與儒學, 國立中央大學: 國立中央大學, 2012-11-27 ~ 2012-11-28.
• 呂妙芬, 2012, “儒門聖賢皆孝子：以家庭人倫為主的儒學成聖工夫”, 23 pages, paper presented at 清代理學國際學術研討會, 新加坡國立大學: 新加坡國立大學, 2012-10-29 ~ 2012-10-30.
• 呂妙芬, 2012, “明清儒學關於個體不朽、死後想像、祭祀原理之論述”, 28 pages, paper presented at 第四屆漢學會議 , 中央研究院: 中央研究院, 2012-06-21 ~ 2012-06-23.
• 呂妙芬, 2012, “中國崛起、傳統再興與中國現代史的書寫:清代理學研究的新視野”, 13 pages, paper presented at 回首百年民國學術研究會, 中央研究院近代史研究所: 中央研究院近代史研究所, 2012-01-11 ~ 2012-01-13.
• 呂妙芬, 2011, “楊屾的天人合一之學：知本提綱及其雜異的異想元素”, 32 pages, paper presented at 中央研究院近代史學術討論會 , 中央研究院近代史研究所: 中央研究院近代史研究所, 2011-12-08.
• 呂妙芬，2010，〈從儒釋耶三教會遇閱讀謝文洊〉，共27頁，發表於「中國思想史文化史的回顧和展望」學術討論會，浙江富陽：復旦大學文史研究院與新加坡國立大學，2010-12-06 ~ 2010-12-08。
• 呂妙芬，2010，〈從文化史研究看《孝經》與近世中國文化〉，共19頁，發表於首屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會，香港：香港理工大學，2010-06-16 ~ 2010-06-18。
• 呂妙芬，2009，〈臺灣新史學風潮下的儒學研究〉，共18頁，發表於「《新史學》與臺灣史學二十年」 國際學術研討會，國立政治大學：新史學、國立政治大學等，2009-12-12 ~ 2009-12-13。
• 呂妙芬，2009，〈女子與小人可談道：楊甲仁性命之學的日用場景〉，共28頁，發表於陽明學派國際學術研討會，杭州：浙江社科院等，2009-11-06 ~ 2009-11-09。
• Miaw-fen Lu, 2008, “The Rediscovery of Zhang Zai in the Ming-Qing Transition”, paper presented at Translocal and Transregional Dynamics in Chinese History, 960-1911, Singapore: Singapore University, 2008-5-11 ~ 2008-5-14.
• 呂妙芬，2007，〈《西銘》與《孝經》：兼論晚明「孝」的形上化思想〉，發表於「全球化下明史研究之新視野」學術研討會，台北、南投：中國明代研究學會、東吳大學歷史學系、暨南國際大學歷史學系、臺灣師範大學文學院暨歷史學系，2007-10-27 ~ 2007-10-30。
• 呂妙芬，2007，〈做為儀式性文本的《孝經》：明清士人《孝經》實踐的個案研究〉，發表於「為道屢遷：中國文化生活中的宗教禮儀實踐與創新」國際研究會，台北市：中央研究院文哲所，2007-06-29。
• 呂妙芬，2007，〈做為蒙學讀本的《孝經》及其文本定位的歷史變化〉，發表於中央研究院近代史研究所學術討論會，台北市：中央研究院近代史研究所，2007-06-07。
• Lu, Miaw-Fen, 2006, “The Classic of Filial Piety in Early Seventeenth-Century Confucian Scholars’ Self-Cultivation”, paper presented at AAR annual meetings, 美國華盛頓特區: 美國宗教學會, 2006-11-18 ~ 2006-11-21.
• 呂妙芬，2006，〈萬里尋親的文化實踐〉，發表於「地域中國：民間文獻的社會史解讀」國際學術研討會，中國安徽黃山市：中國社會史學會，2006-08-19 ~ 2006-08-22。
• 呂妙芬，2006，〈晚明到清初《孝經》詮釋的變化〉，發表於「理解、詮釋與儒家傳統」國際學術研討會，台北市：中央研究院中國文哲研究所，2006-01-12 ~ 2006-01-14。

學位論文

• Miaw-fen Lu, 1997, “Practice as Knowledge: Yang-ming Learning and Chiang-hui in Sixteenth-Century China”, 371 pages, History Department, University of California, Los Angeles.
• 呂妙芬，1989，〈胡敬齋與陳白沙思想趼究〉，共185頁，中國文學研究所，國立臺灣大學。

他類論文

• 呂妙芬，2023，〈史學大師的思想史視野──從《宋明理學與政治文化》談起〉，《閱讀余英時》。

研究/計畫報告

• 黃寬重、章英華、蘇國賢、呂妙芬，2012，《建立適合人文社會學科學術發展之評鑑機制研究計劃報告》，教育部委託。

學術書評

• 呂妙芬，2012，〈評A Northern Alternative: Xue Xuan (1389-1464) and the Hedong School〉，《中國文化研究所學報》，第55卷，頁332-334。
• 呂妙芬，2009，〈評Chang Woei Ong, Men of Letters within the Passes: Guanzhong Literati in Chinese History, 907-1911 〉，《漢學研究》，27卷4期，頁365-368。。
• Miaw-fen Lu, 2009, “評Henry Rosemont, Jr., and Roger T. Ames, The Chinese Classic of Family Reverence: A Philosophical Translation of the Xiaojing”, Journal of Chinese Religions, 37.
• 呂妙芬，2008，〈評Sara Schneewind, Community Schools and the State in Ming China〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，61期，頁177-184。
• 呂妙芬，2007，〈評朱鴻林《中國近世儒學實質的思辨與習學》〉，《明代研究》，10期，頁209-215。
• 呂妙芬，2007，〈評伊東貴之，《思想としての中國近世》〉，《中國文哲研究集刊》，第31輯，頁291-296。