專書、論文集

• 巫仁恕，2017，《優游坊廂：明清江南城市的休閑消費與空間變遷》，共411頁，上海：中華書局。
• 巫仁恕，2017，《劫後「天堂」──抗戰淪陷後的蘇州城市生活》，共304頁，台北：台灣大學出版中心。
• 巫仁恕，2017，《優游坊廂：明清江南城市的休閑消費與空間變遷》，共412頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 巫仁恕，2013，《優游坊廂：明清江南城市的休閑消費與空間變遷》，共418頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 巫仁恕，2011，《激變良民：傳統中國城市群眾集體行動之分析》，共428頁，北京：北京大學。
• 巫仁恕 、狄雅斯，2010，《游道：明清旅遊文化》，共180頁，台北：三民書局。
• 巫仁恕，2007，《品味奢華：晚明的消費社會與士大夫》，共362頁，台北：中央研究院!聯經出版公司。
• 巫仁恕，2005，《奢侈的女人：明清時期江南的消費文化》，共110頁，台北：三民書局。

主編之專書(論文集)

• 巫仁恕，2019，《城市指南與近代中國城市研究》，共483頁，台北：民國歷史文化學社‧源流成。
• 巫仁恕 、康豹、林美莉，2010，《從城市看中國的現代性》，共401頁，台北：中央研究院近代史研究所。

期刊論文

• 巫仁恕，2022，〈明季江南反鄉紳士變：常熟縣錢裔肅事件始末〉，《明清史評論》，第4輯, 80-111。
• 巫仁恕、吳景傑，2021，〈竊盜案的歷史犯罪學分析──以同治朝四川省巴縣為例〉，《漢學研究》，39(3), 141-186。
• 巫仁恕、吳景傑，2021，〈犯罪與城市─清代同治朝重慶城市 竊盜案件的分析〉，《台大歷史學報》，67, 7-53。
• 巫仁恕，2020，〈劫後婦女：抗戰時期蘇州淪陷後的婦女生活〉，《近代中國婦女史研究》，35, 1-65。
• 巫仁恕，2019，〈無肉令人瘦：東坡肉的形成與流衍初探〉，《江南社會歷史評論》，106-136。
• 巫仁恕，2018，〈士、商文化的衝突與調和—從廣告字紙看清代消費社會與文化史之一面相〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第100期，頁1-45。
• 巫仁恕，2018，〈東坡肉的形成與流衍初探〉，《中國飲食文化》，第14卷第1號，頁13-55。
• 巫仁恕，2016，〈抗戰時期淪陷下蘇州的茶館〉，《江南社會歷史評論》，第9期，頁212-239。
• 巫仁恕、王大綱，2015，〈乾隆朝地方物品消費與收藏的初步研究：以四川省巴縣為例〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第89期，頁1-41。(THCI)
• 巫仁恕，2014，〈抗戰時期淪陷區的城市生活──以蘇州菜館業的興衰為例〉，《新史學》，第25卷第4期，頁167-202。(THCI)
• 巫仁恕，2014，〈逃離城市：明清之際江南城居士人的逃難經歷〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第83期，頁1-46。(THCI)
• 巫仁恕，2012，〈從觀看到閱讀：明清廣告文化中的圖像與文字〉，《中正漢學研究》，第19期，頁1-39。。(THCI)
• 巫仁恕，2011，〈消費與性別：明清士商的休閑購物與男性特質〉，《明清史研究》，第36輯，頁1-36。
• 巫仁恕，2010，〈都市からみる中国の現代性―『従城市看中国的現代性』導論―〉，《都市文化研究》，12號，頁199-208。
• 巫仁恕，2008，〈明清江南庭園の社會史的分析──蘇州を中心として──〉，《史朋》，41號，頁32-56。。
• 巫仁恕，2008，〈江南園林與城市社會 ──明清蘇州園林的社會史分析〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第61期，頁1-59。(THCI)
• 巫仁恕，2007，〈明清江南市鎮志的園第書寫與文化建構〉，《九州學林》，第5卷第4期，頁71-119。。
• 巫仁恕，2007，〈近代早期西方人對中國旅游設施的評價〉，《上海師範大學學報》，2007年第3期，頁92-99。
• 巫仁恕，2006，〈明清消費文化研究的新取徑與新問題〉，《新史學》，第17卷第4期，頁217-254。
• 巫仁恕，2006，〈明清飲食文化中的感官演化與品味塑造──以飲膳書籍與食譜為中心的探討〉，《中國飲食文化》，第2卷第2期，頁45-95。
• 巫仁恕，2005，〈清代士大夫的旅遊活動與論述──以江南為討論中心──〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第50期，頁235-285。(THCI)
• 巫仁恕，2005，〈晚明文士的消費文化──以傢俱為個案的考察〉，《浙江學刊》，2005年6期，頁91-100。
• 巫仁恕，2005，〈民間信仰與集體抗爭：萬曆承天府民變與岳飛信仰〉，《江海學刊》，2005年1期，頁126-133。
• 巫仁恕，2004，〈晚明的旅遊風氣與士大夫心態── 以江南為討論中心〉，《明清以來江南社會與文化論集》。
• 巫仁恕，2003，〈婦女與奢侈── 一個明清婦女消費研究史的初步檢討〉，《中國史學》（日本），第13卷，頁69-82。
• 巫仁恕，2003，〈晚明的旅遊活動與消費文化── 以江南為討論中心──〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第41期，頁87-143。
• 巫仁恕，2002，〈明代士大夫與轎子文化〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第38期，頁1-69。
• 巫仁恕，2001，〈明代的司法與社會──從明人文集中的判牘談起〉，《法制史研究》，第2期，頁61-88。
• 巫仁恕，2000，〈節慶、信仰與抗爭──明清城隍信仰與城市群眾的集體抗議行為〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第34期，頁145-210。
• 巫仁恕，1999，〈明代平民服飾的流行風尚與士大夫的反應〉，《新史學》，第10卷第3期，頁55-110。
• 巫仁恕，1999，〈明清之際江南時事劇的發展及其所反映的社會心態〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第31期，頁1-48。
• 巫仁恕，1998，〈明末清初城市手工業工人的集體抗議行動—以蘇州城為探討中心—〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第28期，頁47-88。
• 巫仁恕，1997，〈戰爭與疾疫：抗戰後期的疫情與疫政（1940-1945）〉，《中華軍史學會會刊—紀念七七抗戰六十週年專號》，第3期，頁321-364。
• 巫仁恕，1997，〈清代湖南市鎮的發展與變遷〉，《漢學研究》，第15卷第2期，頁73-107。
• 巫仁恕，1996，〈明末至清中葉城市糧食暴動之研究〉，《史原》，第20期，頁317-361。
• 巫仁恕，1994，〈明末的戲劇與城市民變〉，《九州學刊》，第6卷第3期，頁77-94。
• 巫仁恕，1993，〈明清近代市鎮墟集研究的回顧與前瞻〉，《九州學刊》，第5卷第3期，頁95-112。
• 巫仁恕，1991，〈明清湖南市鎮的社會與文化結構之變遷〉，《九州學刊》，第4卷第3期，頁39-80。
• 巫仁恕，1991，〈明代湖南市鎮的發展與社會變遷〉，《史原》，第18期，頁105-155。

專書(論文集)之一章

• 巫仁恕，2018，〈節慶、信仰與抗爭──明清城隍信仰與城市群眾的集體抗議行為〉，康豹編，《近代中國的宗教》，頁231-308，台北：新文豐出版社。
• Wu Jen-shu, Wang Dagang, 2018, ““A Preliminary Study of Local Consumption in the Qianlong Reign (1736–1796): The Case of Ba County in Sichuan Province,””, editor(s): Elif Akçetin, Suraiya Faroqhi, Living the Good Life: Consumption in the Qing and Ottoman Empires of the Eighteenth Century, pp. 187-212, Leiden; Boston: Brill.
• 巫仁恕，2017，〈「妖婦」乎？「女仙」乎？──論明代山東唐賽兒的形象轉變〉，游鑑明編，《中國婦女史論集》，頁95-145，台北：稻鄉出版社。
• Wu, Jen-shu, 2016, “"Advertising Forms and Urban Consumer Culture in Early Modern China"”, editor(s): GABBIANI Luca, Urban Life in China, 15th-20th centuries Communities, Institutions, Representations, pp. 77-91, Paris: École française d’Extrême-Orient.
• 巫仁恕，2013，〈明清的廣告文化與城市消費風尚〉，邱仲麟編，《中國史新論：生活與文化分冊》，頁343-375，台北：中央研究院•聯經出版公司。
• Wu Jen-shu, Ling-ling Lien, 2013, “From Viewing to Reading: The Evolution of Visual Advertising in Late Imperial China”, editor(s): Christian Henriot, Wen-hsin Yeh, Visualising China, 1845-1965: Moving and Still Images in Historical Narratives, pp. 231-266, Leiden; Boston: Brill.
• 巫仁恕，小野泰教譯，2012，〈都市の民變から辛亥革命へ〉，辛亥革命百周年記念論集編集委員會編，《總合研究辛亥革命》，頁127-144，京都：岩波書店。
• 巫仁恕，2012，〈性別視野中的消費文化史〉，劉詠聰編，《性別視野中的中國歷史新貌》，頁149-151，北京：社會科學文獻出版社。
• 巫仁恕，2010，〈明清都市民変研究の再検討―集合行動の角度から―〉，山本英史編，《近世の海域世界と地方統治》，頁95-125，東京：汲古書院。
• 巫仁恕，2010，〈從遊觀到旅遊：16至20世紀蘇州旅遊活動與空間的變遷〉，巫仁恕、康豹、林美莉編，《從城市看中國的現代性》，頁113-149，台北：中央研究院近代史研究所。
• 巫仁恕，2010，〈導論〉，巫仁恕、康豹、林美莉編，《從城市看中國的現代性》，頁i-xv，台北：中央研究院近代史研究所。
• 巫仁恕，2009，〈從生產性到觀賞性？明清蘇州園林型態的再思考〉，鄒振環、黄敬彬編，《復旦史學集刊第三輯：江南與中外交流》，頁263-287，上海：復旦大學。
• 巫仁恕，2009，〈官與民之間——清代的基層社會與國家控制〉，黃寬重編，《中國史新論：基層社會分冊》，頁423-474，台北：聯經出版公司。
• 巫仁恕，2007，〈晚明家具的消費文化〉，韓昇編，《古代中國：社會轉型與多元文化》，頁338-356，上海：上海人民出版社。
• 巫仁恕，2007，〈一几一榻見風致：晚明傢俱的消費文化〉，台灣師範大學歷史系及研究所編，《近世中國的社會與文化(960-1800)論文集》，頁509-549，台北：台灣師範大學歷史系及研究所。
• 巫仁恕，2005，〈明末清初城市手工業工人的集體抗議行動—以蘇州城為探討中心—〉，梁庚堯、劉淑芬編，《台灣學者中國史研究論叢：城市與鄉村》，頁325-358，北京：中國大百科全書出版社。
• 巫仁恕，2005，〈明代平民服飾的流行風尚與士大夫的反應〉，蒲慕州編，《台灣學者中國史研究論叢：生活與文化》，頁268-308，北京：中國大百科全書出版社。
• 巫仁恕，2005，〈明清城市「民變」的集體行動模式及其影響〉，邢義田、林麗月編，《台灣學者中國史研究論叢：社會變遷》，頁367-393，北京：中國大百科全書出版社。
• 巫仁恕，2005，〈前現代的抵制運動：明清城市群眾的集體抗議〉，黃賢強編，《文明抗爭──近代中國與海外華人論集》，頁3-48，香港：香港教育圖書公司。
• 巫仁恕，2005，〈明清江南東嶽神信仰與城市群眾的集體抗議── 以蘇州民變為討論中心──〉，李孝悌編，《中國的城市生活》，頁149-206，台北：聯經出版公司。
• 巫仁恕，2004，〈晚明的旅遊風氣與士大夫心態──以江南為討論中心〉，熊月之、熊秉真編，《明清以來江南社會與文化論集》，頁225-255，上海：上海社會科學院出版社。
• 巫仁恕，2003，〈「妖婦」乎？「女仙」乎？──論明代山東唐賽兒的形象轉變〉，呂芳上編，《無聲之聲(I)：近代中國的婦女與國家(1600-1950)》，頁1-37，台北：中研院近史所。
• 巫仁恕，1998，〈明清城市民變的集體行動模式及其影響〉，郝延平、魏秀梅編，《近世中國之傳統與蛻變：劉廣京院士七十五歲祝壽論文集》，頁229-258，台北：中央研究院近代史研究所。

學術會議(研討會)論文

• 巫仁恕，2023，〈現代中國農業技術官僚的組織網絡： 以農林部檔案為例〉，發表於「近代中國城市菁英的形成及其社會網絡」國際學術研討會，近史所檔案館第二會議室：中央研究院近代史研究所、European Research Council、Aix Marseille Université，2023-01-09 ~ 2023-01-11。
• 巫仁恕，2018，〈「劫後婦女：抗戰時期蘇州淪陷後的婦女生活」〉，共31頁，發表於「戰爭下的城市」國際學術研討會，中央研究院近代史研究所檔案館：中央研究院近代史研究所，2018-12-05 ~ 2018-12-06。
• 巫仁恕，2016，〈逃離城市補論：明清之際江北城市居民的逃難活動〉，共21頁，發表於「第十七屆明史國際學術研討會暨紀念明定陵發掘六十週年國際學術研討會」，北京：中國明史學會‧北京市昌平區人民政府，2016-08-22 ~ 2016-08-24。
• 巫仁恕，2016，〈城市、地域与国家：明清江南城市史研究的意義〉，共23頁，發表於「江南地域社会史研究の回顧と展望」ワークショップ，東京慶應義塾大学三田キャンパス：「近現代太湖流域農山漁村における自然資源管理に関する現地調査」研究班，2016-07-02。
• 巫仁恕、王大綱，2015，〈乾隆朝地方物品消費與收藏的初步研究：以四川省巴縣為例〉，發表於2015 中央研究院明清研究國際學術研討會，中央研究院人文社會科學館：中央研究院明清推動委員會、中研院史語所，2015-12-10 ~ 2015-12-11。
• 巫仁恕，2015，〈劫後天堂：抗戰時期淪陷下蘇州的鴉片吸食與煙館〉，發表於「全球史視野下的江南文化與社會變遷國際學術研討會」，蘇州科技學院人文學院：蘇州科技學院人文學院，2015-11-13 ~ 2015-11-14。
• 巫仁恕，2015，〈再論清代廣告中的圖與文：士商文化的衝突〉，發表於「第九屆江南社會史國際學術論壇」，上海師範大學、常熟翁同龢紀念館：上海師範大學中國近代社會研究中心，2015-10-23 ~ 2015-10-24。
• 巫仁恕、連玲玲，2015，〈近代中國消費社會與消費文化的轉變〉，發表於「2015從清代到民初：文學與思想」學術研討會，吉隆坡馬大校區：馬來亞大學中文系，2015-10-03 ~ 2015-10-04。
• Wu Jen-shu, 2014, “Gentry's Attitude toward Text and Image in Commercial Advertisement in Qing China”, 28 pages, paper presented at History of Non-book Publishing in China, Tang (618-907) through Qing (1644-1911), Urbana-Champaign: 美國University of Illinois之Urbana-Champaign分校與北京故宮博物院, 2014-09-26 ~ 2104-09-27.
• 巫仁恕，2014，〈民國時期蘇州旅遊業與旅館業的變遷〉，共31頁，發表於「全球視野下的中國近代史研究」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2014-08-11 ~ 2014-08-13。
• 巫仁恕，2013，〈逃離城市：明清之際江南城鎮士人的逃難經歷〉，共20頁，發表於第15屆明史國際學術會議暨第5屆戚繼光國際學術會議，中國大陸(China)、蓬萊：中國明史學會，2013-08-18 ~ 2013-08-21。
• 巫仁恕，2012，〈抗戰時期蘇州菜館業的變遷與城市空間(1937-1945)〉，發表於『動亂中的城市』：歷史地理資訊系統與近代中國的城市生活」學術研討會II，法國里昂：東亞研究所，2012-11-07 ~ 2012-11-09。
• 巫仁恕，2012，〈逃離城市：明清之際江南城居士商的逃難經歷〉，發表於第四屆國際漢學會議，中央研究院：中央研究院，2012-06。
• 巫仁恕，2012，〈購物、空間與婦女：明清南京的休閑購物與城市空間的變化〉，發表於International Conference of The History of Everyday Life in Late Imperial and Modern China，Brisbane：The University of Queensland，2012-05-23 ~ 2012-05-27。
• Wu Jen-shu, 2012, “How Consumption Changed Urban Space of Jiangnan in Late Imperial China”, paper presented at Landscape, City & Space in Modern China, 1500-2000, Palazzo Pesaro-Papafava, Venice,: Warwick University, 2012-02-02 ~ 2012-02-04.
• 巫仁恕，2011，〈從民變到革命：從近代早期城市社會的抗爭到現代革命的完成〉，發表於日本東京辛亥革命一百年周年紀念日本會議，東京大學：日本東京辛亥革命一百年周年紀念日本會議籌備會，2011-12。
• 巫仁恕，2011，〈從消費來看明清江南城市空間與景觀的變遷〉，發表於大阪市立大學與京都大學人文科學研究所，日本京都：日本明清史學會，2011-08。
• 巫仁恕，2011，〈明清城市店舖的經營與廣告〉，發表於中國傳統商業習慣和現代文化，中研院近史所檔案館：成均館大學現代中國研究所與中研院近史所，2011-07-15。
• 巫仁恕，2011，〈消費與性別：明清士商的休閑購物與男性特質〉，發表於韓國明清史學會年會，韓國江原道：韓國明清史學會，2011-06。
• Wu Jen-shu, 2011, “Market town Elites and the Cultural Construction of Market town Gardens in Late Imperial Jiangnan”, paper presented at the Annual Meeting of the Association for Asian Studies, Honolulu, Haiwaii: the Association for Asian Studies, 2011-03-31 ~ 2011-04-03.
• 巫仁恕，2010，〈從抗議到陳情：新型群眾集體行動的興起與清朝官府的對應〉2010年7月。，共20頁，發表於「清代中晚期群眾運動新探」工作坊，台北：中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2010-07-26。
• Wu Jen-shu, 2010, “Leisure and consumption space in the Jiangnan region of China in the late Ming Dynasty”, 10 pages, paper presented at The Annual Meeting of the Association for Asian Studies, Philadelphia Marriott Downtown.: the Association for Asian Studies, 2010-03-25 ~ 2010-03-28.
• 巫仁恕，2009，〈明清廣告文化中的圖像與文字〉，共20頁，發表於“Visual, Representations, Materiality and Narratives” Workshop，France, Corsica：Christian HENRIOT(Lyon University/ Institut d'Asie Orientale) and Wen-hsin YEH(University of California, Berkeley, Institute of East Asian Studies)，2009-10-07 ~ 2009-10-09。
• 巫仁恕，2009，〈清末民初蘇州城市地圖的演變與城市空間的變遷〉，共25頁，發表於「側繪城市」工作坊，台北：中央研究院近代史研究所，2009-04-16 ~ 2009-04-17。
• 巫仁恕, 2008, “明清的廣告文化與城市消費風尚”, paper presented at 「中國城市生活的經驗：15-20世紀」國際學術研討會 , 法國巴黎: 中央研究院「明清的城市文化與生活」主題計畫、美國蔣經國基金會校際漢學研究中心、哈佛大學東亞系、法國遠東學院台北中心共同主辦, 2008-12-06 ~ 2008-12-08.
• 巫仁恕, 2008, “Advertising Culture and Consumption Customs of the Cities during the Ming and Qing Periods”, paper presented at 「中國城市生活的經驗：十五至二十世紀」國際學術研討會 , 法國遠東學院巴黎總部: 中央研究院主題計畫「明清的城市文化與生活」、美國蔣經國基金會校際漢學研究中心、哈佛大學東亞語言文明學系與法國遠東學院台北中心, 2008-12-04 ~ 2008-12-06.
• 巫仁恕，2008，〈從生產性到觀賞性？明清蘇州園林型態的再思考〉，發表於「江南與中外交流」國際學術研討會，上海復旦大學：上海復旦大學歷史系，2008-09。
• 巫仁恕，2007，〈明清江南的園林與城市社會──以蘇州為討論中心〉，發表於「進入中國城市：社會史與文化史的視野」國際學術研討會，台北：中央研究院歷史語言研究所，2007-12。
• 巫仁恕，2007，〈從遊觀到旅遊：十六至二十世紀初蘇州旅遊文化與旅遊空間的變遷〉，發表於「從城市看中國的現代性」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2007-06-28 ~ 2007-06-29。
• 巫仁恕，2007，〈明清江南市鎮志的園第書寫與文化建構〉，發表於「明清文化生活與集體記憶」研討會，香港：城市大學中國文化中心，2007-06。
• Wu, Jen-Shu, 2006, “To whom do Famous Gardens and Mansions Belong? The Culture of Gardens and Mansions in the Jiangnan Region during the Ming-Qing Period”, paper presented at City Life in Jiangnan: From Late Imperial to Early Modern China , USA: Harvard University, 2006-10-06 ~ 2006-10-07.
• 巫仁恕，2006，〈名園別墅為誰屬？論明清江南市鎮的園第文化〉，發表於「地域中國：民間文獻的社會史解讀」國際學術研討會，中國安徽黃山：中國社會史學會，2006-08-19 ~ 2006-08-22。
• 巫仁恕，2005，〈一几一榻見風致：晚明傢俱的消費文化〉，發表於「近世中國的社會與文化(960-1800)」國際學術研討會，台北：國立台灣師範大學歷史學系，2005-12-16 ~ 2005-12-17。
• 巫仁恕，2005，〈食而知味── 明清食譜所反映的感官認知〉，發表於「好物樂生：近世中國的物質與消費文化」學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2005-09-22 ~ 2005-09-23。
• 巫仁恕，2005，〈晚明傢俱的商品化與文士的消費文化〉，發表於「社會轉型與多元文化」國際學術研討會，上海：復旦大學歷史系，2005-06-26 ~ 2005-06-28。
• 巫仁恕，2005，〈明清消費文化研究的新典範與新問題〉，發表於「中國近代史的再思考：中央研究院近代史研究所創所五十週年」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2005-06-29 ~ 2005-07-01。
• 巫仁恕，2004，〈民間信仰與集體抗爭：萬曆承天府民變與岳飛信仰〉，發表於第十屆明史明史國際學術討論會，中國南京：中國明史學會，2004-08-21 ~ 2004-08-25。
• 巫仁恕，2003，〈清代士大夫的旅遊活動與論述──以江南為討論中心──〉，發表於「過眼繁華：明清江南的生活與文化」國際學術研討會，中央研究院歷史語言研究所：中央研究院歷史語言研究所，2003-12-18 ~ 2003-12-20。
• 巫仁恕，2002，〈晚明的旅遊活動與消費文化──以江南為討論中心──〉，發表於「生活、知識與中國現代性」國際學術研討會，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2002-11-21 ~ 2002-11-23。
• Wu, Jen-shu, 2002, “ Travel and Gentry Mentalities in Late Ming China─A Case Study of the Jiangnan Region─”, paper presented at Discourses and Practices of Everyday Life in Imperial China, Columbia University: Department of East Asian Languages and Cultures, Columbia University, 2002-10-25 ~ 2002-10-27.
• 巫仁恕，2001，〈從騎馬到乘轎──明代轎子文化與士大夫〉，發表於「物質文化的歷史研究」國際學術研討會，中央研究院歷史語言研究所：中央研究院歷史語言研究所，2001-12-14 ~ 2001-12-15。
• 巫仁恕，2001，〈明清江南東嶽神信仰與城市群眾的集體抗議──以蘇州民變為討論中心─〉，發表於「中國的城市生活：十四至二十世紀」國際學術研討會，國立暨南國際大學：中央研究院歷史語言研究所、國立暨南國際大學歷史系，2001-12-19 ~ 2001-12-21。
• 巫仁恕，2001，〈「妖婦」乎？「女仙」乎？──論明代山東唐賽兒的形象轉變〉，發表於「近代中國的婦女、國家與社會（一六○○─一九五○）」國際學術研討會，中央研究院近代史研究所：中央研究院近代史研究所，2001-08-23 ~ 2001-08-25。
• 巫仁恕，2000，〈明代的司法與社會──從明人文集中的判例談起〉，發表於明人文集與明代學術研討會，漢學研究中心：漢學研究中心，2000-04-28 ~ 2000-04-30。

學位論文

• 巫仁恕，1996，〈明清城市民變研究--傳統中國城市群眾集體行動之分析〉，共285頁頁，歷史學研究所，國立台灣大學。
• 巫仁恕，1991，〈明清湖南市鎮的經濟發展與社會變遷〉，共174頁，歷史學研究所，國立台灣大學。

他類論文

• 巫仁恕，2021，〈消費改變了共產中國〉，《消費中國：資本主義的敵人如何成為消費主義的信徒》。
• 巫仁恕，2019，〈民抄董宦與晚明江南的城市社會〉，《董其昌和他的江南》，208-222。
• 巫仁恕，2019，〈理論的迷思：重新評估近代中國的變遷模式〉，王國斌(R. Bin Wong)著、李立凡譯，《鑑往知來：中國與全球歷史變遷的模式與社會理論》，19-28。
• 巫仁恕，2004，〈翻譯彭慕蘭（Kenneth Pomeranz）著〉，《大分流：中國、歐洲與現代世界經濟的形成》（The Great Divergence: Europe, China, and the Making of the Modern World Economy），第三章。
• 巫仁恕，2002，〈究竟忽略了什麼？──明清時期農民運動的再探討〉，《明報月刊》，第37卷第8期，頁39-41。
• 巫仁恕，2001，〈簡介明清社會與生活主題研究計畫〉，《明代研究通訊》，第04期，頁67-76。
• 巫仁恕，2001，〈「中國的物質與文化」研究計畫簡介〉，《近代中國史研究通訊》，第32期，頁90-96。
• 巫仁恕 、呂妙芬，2000，〈明人文集與明代研究學術研討會紀要〉，《明代研究通訊》，第3期，頁57-66。
• 巫仁恕，1999，翻譯何炳棣著，〈揚州鹽商：十八世紀中國商業資本的研究〉，《中國社會經濟史研究(大陸)》，1999年第2期，頁59-76。
• 巫仁恕，1996，〈介紹《風雪定陵》一書〉，《歷史月刊》，第106期，頁128-130。
• 巫仁恕，1993，〈抗清商人沈百五〉，《歷史月刊》，第62期，頁49-52。
• 巫仁恕，1990，〈明代的俠〉，《歷史月刊》，第25期，頁116-120。

學術書評

• 巫仁恕，2018，〈清代京城戲劇的跨界研究 評郭安瑞：《文化中的政治：戏曲表演与清都社会 》〉，《「澎湃新聞」網路書評，網址：https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_2018735》，2018年3月6日號。
• 巫仁恕，2010，〈評Si-yen Fei, Negotiating Urban Space: Urbanization and Late Ming Nanjing〉，《明代研究》，第15期，頁185-191。。
• 巫仁恕，2007，〈評Antonia Finnane 著Speaking of Yangzhou: A Chinese City, 1550-1850〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第59期，頁193-199。
• Su Heng-an 蘇恆安 ，2006，〈評：Culinary Arts in Late Ming China: Refinement, Secularization and Nourishment: A study on Gao Lian' s Discourse on Food and Drink〉，《中國飲食文化》，第2卷第2期。
• 巫仁恕，2005，〈評大木康《明末江南の出版文化》〉，《中國文哲研究所集刊》，第26輯，頁409-415。
• 巫仁恕，2003，〈評韓書瑞（Susan Naquin）教授《北京：寺廟與城市生活》（Peking: Temples and City Life, 1400-1900）〉，《明代研究通訊》，第6期，頁121-128。
• 巫仁恕，2000，〈評岸本美緒著：《明清交替の江南社會──十七世紀中國の秩序問題》〉，《新史學》，第11卷第3期，頁213-223。
• 巫仁恕，1999，〈《李自成結局研究》評介〉，《明代研究通訊》，第2期，頁107-111。
• 巫仁恕，1997，〈評賴惠敏著：《天湟貴冑—清皇族的階層結構與經濟生活》〉，《近代中國史研究通訊》，第24期，頁117-123。
• 巫仁恕，1994，〈評 James W. Tong 著 Under Heaven--Collective Violence in the Ming Dynasty〉，《近代中國史研究通訊》，第18期，頁203-209。
• 巫仁恕，1992，〈評 David Strand 著Richshaw Beijing, City People and Politics in the 1920s〉，《新史學》，第3卷第4期，頁179-186。
• 巫仁恕，1991，〈評劍橋中國史第七卷明史之評介〉，《人文及社會學科教學通訊》，第2卷第4期，頁202-210。
• 巫仁恕，1991，〈評田仲一成著：《中國の宗族と演劇》〉，《近代中國史研究通訊》，第12期，頁197-202。
• 巫仁恕，1991，〈評樊樹志著《明清江南市鎮探微》〉，《新史學》，第2卷第3期，頁145-153。

資料彙編(含口述歷史)

• 呂芳上、黃克武、陳儀深、黃蘭翔等，2000，《都市計畫前輩人物訪問紀錄》，，共311頁，台北：中央研究院近代史研究所。