專書、論文集

• 潘光哲，2021，《學術大師的漏網鏡頭》，共320頁，臺北：臺灣商務。
• 潘光哲，2020，《華盛頓神話與近代中國政治文化》，共524頁，臺北：國史館。
• 潘光哲，2020，《晚清士人的西學閱讀史1833-1898》，共550頁，江蘇：鳳凰出版社。
• 潘光哲，2019，《創造近代中國的“世界知識”》，共326頁頁，北京：社會科學文獻出版社。
• 潘光哲，2019，《晚清士人的西學閱讀史（一八三三～一八九八）》，共550頁頁，南京：鳳凰出版社。
• 潘光哲，2016，《世界歷史中的孫中山、蔣中正與宋美齡》，共55-139頁，紐約：天外出版社。
• 潘光哲，2016，《傳承與創新─紀念國父孫中山先生150歲誕辰》，共133-184頁，台北：國立國父紀念館。
• 潘光哲、歐陽哲生、張太原、簡明海, 2015, 文化觀念與社會思潮，中華民國專題史，第2卷, 462 pages, 中國南京: 南京大學出版社.
• 潘光哲，2014，《晚清士人的西學閱讀史（1833～1898）》，共483頁，台北：中央研究院，近代史研究所專刊99。
• 潘光哲，2011，《遙想「德先生」──百年來民主與知識份子的歷史格局》，共244頁，台北：南方家園文化事業有限公司。
• 潘光哲，2008，《「天方夜譚」中研院：現代學術社群史話》，共221頁，台北：秀威資訊科技股份有限公司。
• 潘光哲，2006，《華盛頓在中國：製作「國父」》，共194頁，台北：三民書局。

主編之專書(論文集)

• 潘光哲，2019，《四十自述》，共110頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，2019，《丁文江的傳記》，共166頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，2019，《胡適文存‧胡適全集》，共2056頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，2018，《沒有顏色的思想：殷海光與自由主義讀本》，共332頁，臺北：台灣大學出版中心。
• 潘光哲，2018，《胡適中文書信集‧胡適全集》，共3021頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 黃自進、潘光哲，2018，《中日戰爭和東亞變局》，共996頁，臺北：稻鄉出版社。
• 黃自進、潘光哲，2017，《近代中日關係史新論》，共816頁，臺北：稻鄉出版社。
• 黃自進、潘光哲，2013，《蔣介石與現代中國形塑論文集》，共1326頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，2013，《胡適與現代中國的理想追尋——紀念胡適先生120歲誕辰國際學術討論會論文集》，共395頁，台北：秀威資訊科技股份有限公司。
• 潘光哲，2013，《近代中國的政治與外交：第四屆國際漢學會議論文集》，共345頁，潘光哲：中央研究院。
• 潘光哲，2009，《容忍與自由：胡適思想精選》，共250頁，台北：南方家園文化事業有限公司。

期刊論文

• 潘光哲，2022，〈「五四青年」顧頡剛〉，《傳記文學》，721, 22-33。
• 潘光哲，2022，〈女權與國故：胡適的《鏡花緣》詮釋〉，《傳記文學》，717, 4-14。
• 潘光哲，2021，〈「反革命」的先聲：胡適與「陳炯明事件」〉，《傳記文學》，119(6), 18-30。
• 潘光哲，2021，〈「嚴復時刻」之再思〉，《政治與社會哲學評論》，74, 315-330。
• 潘光哲，2021，〈閱讀蔡元培《中國倫理學史》的一些想法〉，《亞洲研究》，76, 103-118。
• 潘光哲，2019，〈「重思東亞脈絡下的冷戰」專號導言〉，《思與言：人文與社會科學期刊》，57(4), 1-16。
• 潘光哲，2019，〈「老虎亦有打盹時」：從何炳棣的故事說起〉，《傳記文學》，第691期，頁75-79。
• 潘光哲，2019，〈學以濟時艱：中研院人文學術的「經世」傳統〉，《傳記文學》，第690期，頁97-102。
• 潘光哲，2019，〈胡適與林損：怎樣才是合格的大學教授？〉，《傳記文學》，第689期，頁103-111。
• 潘光哲，2019，〈傅斯年的稿費〉，《傳記文學》，685期，頁89-91。
• 潘光哲，2019，〈孫中山與中國現代性：「專家政治」和「民主實踐」的思想張力〉，《台灣東亞文明研究學刊》，第16卷第1期，頁1-42。
• 潘光哲，2019，〈胡適和蔣介石「抬槓」之後〉，《傳記文學》，684期，頁71-77。
• 潘光哲，2018，〈創造近代中國的「世界知識」與「地理想像」：回顧與思考〉，《思想史》，第8期，頁253-288。
• 潘光哲，2018，〈胡適的《鏡花緣》研究與現代中國女權思想的建構〉，《民國文學與文化研究集刊》，第4期，頁168-184。
• 潘光哲，accepted，〈怎樣歡迎「賽先生」：胡適與巴斯德〉，《思想史》，6, 1-45。
• 潘光哲, 2015, “《中國民約精義》探源初論：盧梭《社會契約論》的漢譯影響研究（之一）”, 翻譯史研究（2015）, 2015，164-187.
• 潘光哲, 2014, ““深描細寫”與生產關於近代中國的歷史知識：以《新史學》為中心的討論”, 歷史與思想, 1,148-176.
• 潘光哲，2013，〈《思與言》的史學實踐〉，《思與言》人文社會科學雜誌，51(4),35-115。(THCI)
• 潘光哲，2013年12月，〈「殖民地」的概念史：從「新名詞」到「關鍵詞」〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第82期，台北：中央研究院，近代史研究所，頁55-92（38頁）（國科會專題計畫：《「封建」與“Feudalism”的相遇：「概念變遷」和「翻譯政治」的歷史考察（I）》）補助成果〔計畫編號：94-2411-H-001-061〕），2013，〈「殖民地」的概念史：從「新名詞」到「關鍵詞」〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第82期，頁55-92。(THCI)
• 潘光哲，2013，〈費密的「發現」與胡適對近代中國「反理學」思想系譜的建構〉，《國際中國學研究》，15,139-162。
• 潘光哲，2012，〈一個消失的「新名詞」：「伯理璽天德」〉，《東亞觀念史集刊》，第2期，頁93-130。
• 潘光哲，2012，〈共相與異相之間：「辛亥革命」研究的一些省思〉，《近代史學刊》，第9輯，頁177-181。
• 潘光哲，2012，〈宮崎滔天與廿世紀初期中國的「革命想像」：以章士釗「譯錄」的《孫逸仙》為中心〉，《孫學研究》，第12期，頁1-32。
• 潘光哲，2011，〈美國傳教士與西方政體類型知識「概念工程」在晚清中國的發展（1861-1896）〉，《東亞觀念史集刊》，第1期，頁179-230。
• 潘光哲，2011，〈晚清中國士人與西方政體類型知識「概念工程」的創造與轉化——以蔣敦復與王韜為中心）〉，《新史學》，第22卷第3期，頁113-159）。(THCI)
• 潘光哲，2011，〈自由的多重思索：〔自由主義、儒家傳統與多元價值〕專輯．小引〉，《思與言》人文社會科學雜誌，第49卷第2期，頁1-8。
• 潘光哲，2011，〈自由的歷史建構：〔臺灣自由主義傳統的歷史建構〕專輯．小引〉，《思與言》人文社會科學雜誌，第49卷第1期，頁1-6。
• 潘光哲，2009，〈「奴隸地位」和「半獨立國」：孫中山對中國「國際地位」的論述〉，《孫學研究》，第6期，頁33-59。
• 潘光哲，2009，〈近代中国における日本情報受容の一側面〉，《アジア文化交流研究（関西大学アジア文化交流センター紀要）》，第4号，頁277-288。
• 潘光哲，2009，〈孫文の「次殖民地」イメージ〉，《孫文研究》，第45号，頁40-60。
• 潘光哲，2008，〈西方當代史學動向和近代中國歷史圖像的「深描細寫」：介紹台灣研究「近代中國的閱讀、出版與文化」的成果〉，《アジア文交流研究（関西大学アジア文化交流センター紀要）》，第3号，頁157-168。
• 潘光哲，2008，〈晚清中國「政黨」的知識系譜：思想脈絡的考察（1856-1895）〉，《中國文化研究所學報》，第48期，頁241-279。
• 潘光哲，2007，〈美國《獨立宣言》在晚清中國〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第57期，頁1-55。
• 潘光哲，2006，〈研究近代東亞報刊史的一些初步想法〉，《或問》，第12號，頁1-10。
• 潘光哲，2006，〈開創「世界知識」的公共空間：《時務報》譯稿研究〉，《史林》，2006年第5期（總第95期），頁1-18。
• 潘光哲，2006，〈畫定「國族精神」的疆界：關於梁啟超《論中國學術思想變遷之大勢》的思考〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第53期，頁1-50。
• 潘光哲，2005，〈詮釋「國父」：以羅香林的《國父家世源流考》為例〉，《香港中國近代史學報》，第3期，頁57-76。
• 潘光哲，2005，〈《時務報》和它的讀者〉，《歷史研究》，2005年第5期，頁60-83。
• 潘光哲，2005，〈開拓近代中國歷史圖象的新天地：「近代中國的閱讀、出版與文化」專輯．導論〉，《思與言》，第43卷第3期，頁1-10。
• 潘光哲，2005，〈追索晚清閱讀史的一些想法：「知識倉庫」、「思想資源」與「概念變遷」〉，《新史學》，第16卷第3期，頁137-170。
• 潘光哲，2005，〈傅斯年與吳晗〉，《文史哲》，2005年第3期（總第288期），頁94-106。
• 潘光哲，2005，〈想像「現代化」：一九三○年代中國思想界的一個解剖〉，《新史學》，第16卷第1期，頁85-124。
• 潘光哲，2004，〈胡適與羅爾綱〉，《開放時代》，總171期，頁43-52。
• 潘光哲，2004，〈從《作為意識形態的現代化》談起〉，《二十一世紀》，第83期，頁138-144。
• 潘光哲，2002，〈建構青年王韜的生命軌跡——《王韜青年文稿》導論〉，《國際中國學研究》，第5輯，頁283-300。
• 潘光哲，2002，〈「重新估定一切價值」——「胡適研究」前景的一些反思〉，《文史哲學報》，第56期，頁109-143。
• 潘光哲，2001，〈晚清中國的民主想像〉，《二十一世紀》，第67期，頁66-70。
• 潘光哲，2001，〈關於「告別革命」的歷史書寫——以一九○三年為例的一些思考〉，《近代中國雙月刊》，第145期，頁100-116。
• 潘光哲，2000，〈張自牧論著考釋劄記：附論深化晚清思想史研究的一點思考〉，《新史學》，第11卷第4期，頁105-121。
• 潘光哲，2000，〈晚清士人對英國政治制度的認識（1830～1856）〉，《國立政治大學歷史學報》，第17期，頁147-196。
• 潘光哲，1999，〈張忠棟教授與現代中國＼台灣自由主義人物的研究〉，《台灣歷史學會通訊》，第9期，頁28-39。
• 潘光哲，1999，〈張君勱對社會主義體制的觀察（1919～1922）〉，《國立政治大學歷史學報》，第16期，頁47-79。
• 潘光哲，1999，〈「張君勱研究」前景的反思——以兩部新著為例〉，《新史學》，第10卷第1期，頁147-161。
• 潘光哲，1998，郭沫若與〈甲申三百年祭〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第30期，頁285-334。
• 薛化元、潘光哲，1997，〈晚清的「議院論」——與傳統思惟相關為中心的討論（1861～1900）〉，《國際學術雜志中國史學》，第7卷，頁117-149。
• 潘光哲，1997，〈學習成為馬克思主義史學家：吳晗的個案研究〉，《新史學》，第8卷第2期，頁133-185。
• 潘光哲，1997，〈中國馬克思主義史學研究成果的省思與回顧——以中、英文資料為主〉，《大陸雜誌》，第94卷第2、3期，頁14-41、3-18。
• 潘光哲，1996，〈陳三立傳〉，《大陸雜誌》，第93卷第2、3期，頁21-39、頁25-36。
• 潘光哲，1995，〈郭沫若治古史的現實意涵〉，《二十一世紀》，第29期，頁84-90。
• 潘光哲，1995，〈胡適與羅爾綱〉，《文史哲學報》，第42期，頁57-102。
• 潘光哲，1995，〈近現代中國「改造國民論」的討論〉，《近代中國史研究通訊》，第19期，頁68-79。
• 潘光哲，1991，〈民主主義與無產階級專政——考茨基與列寧對「向社會主義過渡」之爭論〉，《反思》，第2期，頁23-45。
• 潘光哲，1989，〈近年來台灣地區「張君勱研究」之概況〉，《反思》，第1期，頁5-37。

專書(論文集)之一章

• 潘光哲，2019，〈「五四」與台灣〉，王德威、宋明煒編，《五四@100：文化、思想、歷史》，頁5，臺北：聯經出版事業股份有限公司。
• 潘光哲，2018，〈虛實之間︰中國輿論界對日美交涉（1941年）的觀察與回應〉，黃自進、(潘光哲)編，《中日戰爭和東亞變局》，頁43，臺北：稻鄉出版社。
• 潘光哲，2018，〈“世界史地”與“國際法”知識和近代東亞“地理想像”的生產、流通與嬗變：回顧與思考〉，張壽安編，《晚清民初的知識轉型與知識傳播》，頁24，北京：北京師範大學出版社。
• 潘光哲（著），森川裕貫（訳），2018，〈台湾憲政文化のための歴史記憶——『自由中国』を中心として〉，中村元哉編，《憲政から見た現代中国》，頁23，東京：東京大学出版会。
• 潘光哲，2018，〈深化“胡適研究”的新工具：“胡適檔案檢索系統”與“胡適藏書檢索數據庫”簡介〉，东洋文库超域亚洲研究部门现代中国研究班編，《展望当代中国研究：档案资料的内与外》，頁15，東京：公益財団法人東洋文庫。
• 潘光哲（著），望月直人（訳），2017，〈孫文「専門家政治」論と開発志向国としての現代中国国家の起源〉，日本孫文研究会編，《孫文「専門家政治」論と開発志向国としての現代中国国家の起源》，頁17，東京：汲古書院。
• 潘光哲，2017，〈海峽兩岸「胡適研究」的交流與展望〉，呂芳上編，《春江水暖——三十年來兩岸近代史學交流的回顧與展望》，8頁，台北：世界大同文創股份有限公司。
• 潘光哲，2017，〈吳汝綸與根本通明的易學論爭——清日知識人往來互動之一例〉，黃自進、潘光哲編，《近代中日關係史新論》，頁34，台北：稻鄉出版社。
• 潘光哲，2017，〈吳汝綸與根本通明的易學論爭——清日知識人往來互動之一例〉，黃自進、潘光哲編，《近代中日關係史新論》，頁34，台北：稻鄉出版社。
• 潘光哲, translated by 望月直人, 2017, “孫文「専門家政治」論と開発志向国としての現代中国国家の起源”, editor(s): 日本孫文研究会, 孫文とアジア太平洋—ネイションを越えて, pp. 17, 東京: 汲古書院.
• 潘光哲，川尻文彦譯，2016，〈「世界史地」と「国際法」知識及び近代東アジア「地理想像」の生産、流通と変容〉，沈国威、内田慶市編，《東アジア言語接触の研究》，頁237-258，大阪府吹田市：関西大学出版部。
• 潘光哲，2015，〈中國近代史知識的生產方式：歷史脈絡的若干探索〉，裴宜理、陳紅民編，《什麼是最好的歷史學》，頁105-163，中國杭州：浙江大學出版社。
• 潘光哲，2014，〈近代中国における日本情報受容の一側面〉，劉建輝、孫江編，《東アジアにおける近代知の空間の形成》，頁159-176，日本東京：東方書店。
• 潘光哲，2013，〈晚清中國的「民主經驗」（1866-1895）〉，潘光哲主編編，《近代中國的政治與外交：第四屆國際漢學會議論文集》，頁41-133，台北：中央研究院。
• 潘光哲, 2013, “胡適對「知識分子思想改造」的回應（1949-1952）”, editor(s): 潘光哲主編, 胡適與現代中國的理想追尋——紀念胡適先生120歲誕辰國際學術討論會論文集, pp. 頁243-261, 台北: 秀威資訊科技股份有限公司.
• 潘光哲，2013，〈知識人對「新生活運動」的回應：以胡適為例〉，黃自進、潘光哲主編編，《蔣介石與現代中國形塑論文集》，頁243-261，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲, 2013, “《新路周刊》（1948年）與中國自由主義的轉折”, editor(s): 國史館, 近代國家的型塑：中華民國建國一百年國際學術討論會論文集, pp. 頁661-689, 台北: 國史館.
• 潘光哲, 2013, “〈我們的政治主張〉及其紛爭：1920年代中國「論述社群」交涉互競的個案研究”, editor(s): 李金銓主編, 報人報國：中國新聞史的另一種讀法, pp. 頁147-188, 香港: 中文大學出版社.
• 潘光哲，2012，〈青年胡適的「民主經驗」〉，錢永祥主編編，《普遍與特殊的辯證：政治思想的探掘》，頁151-194，台北：中央研究院人文社會科學研究中心。
• 潘光哲，2010，〈形塑「黨國體制」與「民主經驗」的記憶文化——以《自由中國》為例〉，台灣教授學會編，《中華民國流亡台灣60年暨戰後台灣國際處境》，頁601-660，台北：前衛出版社。
• 潘光哲，2008，〈胡適與《努力週報》的創辦〉，李金銓編，《自由的理解與實踐——民國時期知識分子與報刊》，頁81-108，台北：政治大學出版社。
• 潘光哲，2007，〈中國近代轉型時期的「地理想像」（1895-1925）〉，王汎森編，《中國近代思想史的轉型時期》，頁427-472，台北：聯經出版公司。
• 潘光哲，2007，〈郭沫若與王國維：建構史學實踐的「論述社群」〉，黃兆強編，《二十世紀人文大師的風範與思想——中葉》，頁251-288，台北：臺灣學生書局。
• 潘光哲，2005，〈「華盛頓神話」在晚清中國的創造與傳衍〉，黃東蘭編，《身體．心性．權力：新社會史》，第2集，頁43-76，杭州：浙江人民出版社。
• 潘光哲，2005，〈梁啟超《論中國學術思想變遷之大勢》導論〉，梁啟超編，《論中國學術思想變遷之大勢》，39頁，台北：台灣古籍出版有限公司。
• 潘光哲，2005，〈伯倫知理與梁啟超：思想脈絡的考察〉，李喜所編，《梁啟超與近代中國社會文化》，頁295-301，天津：天津古籍出版社。
• 潘光哲，2004，〈蔡元培《中國倫理學史》導論〉，蔡元培編，《中國倫理學史》，22頁，台北：台灣古籍出版有限公司。
• 潘光哲，2004，〈革命的理由：以美國《獨立宣言》在晚清中國流傳的脈絡探討孫中山的《中國問題的真解決——向美國人民的呼籲》〉，國立國父紀念館編，《第7屆孫中山與現代中國學術研討會論文集》，頁47-78，台北：國立國父紀念館。
• 潘光哲，2004，〈透視黨國威權體制的歷史窗口——黨國體制的批判導論〉，潘光哲（等選編）編，《自由中國》選編6.——黨國體制的批判，頁VII-XXXVI，台北：稻鄉出版社。
• 潘光哲，2004，〈書寫「民主經驗」與「民主想像」的見證——地方自治、選舉與反對黨導論〉，潘光哲（等選編）編，《自由中國》選編5.——地方自治、選舉與反對黨，頁VII-XLVII，台北：稻鄉出版社。
• 潘光哲，2003，〈「國父」形象的歷史形成〉，國立國父紀念館編，《第6屆孫中山與現代中國學術研討會論文集》，頁516，台北：國立國父紀念館。
• 潘光哲，2002，〈追尋晚清中國「民主想像」的軌跡〉，劉青峰、岑國良編，《自由主義與中國近代傳統：「中國近現代思想的演變」研討會論文集（上）》，頁131-164，香港：香港中文大學出版社。
• 潘光哲，1999，〈摩爾根、馬克思、恩格斯與郭沫若——中國馬克思主義史學理論淵源的討論〉，李永熾教授六秩華誕祝壽論文集編輯委員會編，《東亞近代思想與社會——李永熾教授六秩華誕祝壽論文集》，頁363-409，台北：月旦出版社。
• 潘光哲，1998，〈研究近、現代中國民主共和思想的回顧與省思〉，中華民國史專題討論會秘書處編，《中華民國史專題論文集第四屆討論會》第二冊，頁1601-1644，台北：國史館。
• 潘光哲，1998，〈丁文江與史語所〉，杜正勝、王汎森編，《新學術之路——中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》上冊，頁379-400，台北：中央研究院歷史語言研究所。
• 潘光哲，1998，〈蔡元培與史語所〉，杜正勝、王汎森編，《新學術之路——中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》上冊，頁189-215，台北：中央研究院歷史語言研究所。
• 潘光哲，1998，〈王錫祺（1855～1913）傳〉，郝延平、魏秀梅編，《近世中國之傳統與蛻變——劉廣京院士七十五歲祝壽論文集》，頁395-425，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，1995，〈歷史哲學的再思考：論福山《歷史的終結與最後一人》（F. Fukuyama, The End of History and the Last Man）〉，朱浤源編，《「今日社會理論」學術研討會論文集》，頁123-134，屏東：國立屏東師範學院。

學術會議(研討會)論文

• 潘光哲，2022，「五四」的歧路：從胡適〈新思潮的意義〉說起，發表於「近代中國轉型之再思：紀念張灝院士工作坊」，台北：中央研究院近代史研究所，2022-08-31。
• 潘光哲，2022，〈余英時的「典範論」：以胡適的《章實齋先生年譜》為例（之一）〉，發表於「余英時院士逝世周年紀念工作坊」，台北：中央研究院近代史研究所，2022-08-05。
• 潘光哲，2022，〈「章學誠轉向」與現代中國的史學實踐：胡適到余英時〉，發表於「近代日本．中国における章学誠研究熱の形成とそのインパクト─内藤湖南、胡適および20世紀中国学の諸相─」国際シンポジウム，日本京都：京都大学人文科学研究所、関西大学東西学術研究所，2022-07-31。
• 潘光哲，2019，「五四」學術典範的創造：胡適〈新思潮的意義〉再考，發表於「五四運動100週年」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2019-05-04。
• 潘光哲，2019，〈蔡元培學術的日本淵源（一）：以《中國倫理學史》為中心〉，發表於中央研究院近代史研究所講論會，台北：中央研究院近代史研究所，2019-03-28。
• 潘光哲，2018，〈陳獨秀、反對黨與《自由中國》〉，發表於「東亞冷戰史的重構」國際學術研討會國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2018-11-20。
• 潘光哲，2018，〈「反革命」的先聲：胡適與「陳炯明事件」〉，發表於「近代東亞的人權概念與實際」學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2018-11-15。
• 潘光哲，2018，〈孫中山與中國現代性：以「專家政治」和「民主實踐」的思想張力為中心〉，發表於「東亞儒學與中國現代性」國際學術研討會，台北：國立台灣師範大學東亞學系，2018-10-07。
• 潘光哲，2017，〈創造近代中國的「世界知識」與「地理想像」：回顧與思考〉，發表於「轉型與流變：從晚清到五四」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2017-12-07。
• 潘光哲，2017，〈彌爾的自由主義論述在近代日本和中國的「理論旅行」〉，發表於「西方經驗與近代中日交流的思想連鎖」2017年度工作坊，台北：中央研究院近代史研究所，2017-12-04。
• 潘光哲，2017，〈尋找反共的思想資源：從胡適對於陳獨秀晚年反思的評價說起〉，發表於「近代東亞知識人的國家構想」學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2017-12-01。
• 潘光哲，2017，〈尋找反共的思想資源：陳獨秀的晚年反思與《自由中國》〉，發表於「冷戰研究在東亞：學術、思想與意識形態」國際學術研討會，首爾：東北亞歷史財團，2017-11-21。
• 潘光哲，2017，〈虛實之間：中國輿論界對日美交涉（1941年）的觀察與回應〉，發表於「邁向和解之路：中日戰爭的再檢討」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2017-09-14。
• 潘光哲，2017，〈胡適的《鏡花緣》研究與現代中國女權思想的建構〉，發表於「世界史中的中華婦女」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2017-07-12。
• 潘光哲，2014，〈胡適與中基會：以「林損事件」為中心〉，共14頁，發表於『中基會九十年：回顧與展望』研討會，台北：中華教育文化基金會，2014-11-07。
• 潘光哲，2012，〈戰火下的中國自由主義：《新路週刊》（1948年）研究〉，共21頁，發表於近代國家的型塑：中華民國建國一百年國際學術討論會，台北：國史館，2012-09-13 ~ 2012-09-14。
• 潘光哲, 2012, “晚清中國的「民主經驗」（1866-1895）”, 63 pages, paper presented at 第四屆國際漢學會議, 台北: 中央研究院, 2012-06-19 ~ 2012-06-21.
• 潘光哲, 2011, “胡適對「知識分子思想改造」的回應（1949-1952研討會」”, 15 pages, paper presented at 胡適與自由主義：紀念胡適先生120歲誕辰國際學術研討會, 台北: 中央研究院近代史研究所, 2011-12-16 ~ 2011-12-17.
• 潘光哲，2010，〈西方政體分類知識的「概念工程」在晚清中國的創發與建設（1845- 1895）〉，共64頁，發表於「近代中國知識轉型：理念、學科、出版、社群」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2010-12-16 ~ 2010-12-17。
• 潘光哲, 2010, “胡適〈說儒〉及其論爭”, 17 pages, paper presented at 自由主義與儒學的當代對話』學術研討會, 台北: 中央研究院代史研究所, 2010-11-19.
• 潘光哲，2009，〈「深描細寫」與生產關於近代中國的歷史知識：以《新史學》為中心的討論〉，共22頁，發表於《新史學》與台灣史學二十年國際學術研討會，台北：國立政治大學歷史學系、《新史學》雜誌社，2009-12-12 ~ 2009-12-13。
• 潘光哲，2009，〈「負責任的輿論家」：《努力週報》與1920年代中國「論述社群」的交涉互爭〉，共22頁，發表於中國近現代報刊的自由的理念與實踐第二屆學術研討會，香港：香港城市大學媒體與傳播系，2009-12-04 ~ 2009-12-05。
• 潘光哲，2009，〈形塑「黨國體制」與「民主經驗」的記憶文化：以《自由中國》為例〉，共27頁，發表於中華民國流亡台灣60年暨戰後台灣國際處境學術研討會，台北：台灣教授協會，2009-10-24 ~ 2009-10-25。
• 潘光哲，2009，〈吳汝綸訪日考察與日本知識人的往來互動———以根本通明為中心〉，共19頁，發表於『四海斯文自一家：東亞使節文化書寫』國際學術研討會，台北：中央研究院中國文哲研究所，2009-09-04。
• 潘光哲，2009，〈費密的「發現」與胡適對近代中國「反理學」思想系譜的建構〉，共24頁，發表於胡適與近代中國的追尋——紀念「五四」九十週年學術研討會，台北：中央研究院所近代史研究所，2009-05-04。
• 潘光哲，2008，〈朝河貫一與日本「封建體制」的研究〉，共22頁頁，發表於「2008亞太區域研究成果發表會」，台北：台北：中央研究院人社中心亞太區域研究專題中心，2008-07-25。
• 潘光哲，2007，〈走上「歧路」的胡適：《努力週報》研究（之一）〉，發表於「自由的理解與實踐——民國時期知識分子與報刊研討會」，香港：香港城市大學傳播研究中心，2007-04-27。
• 潘光哲，2007，〈晚清中國「政黨」的知識系譜：思想脈絡的考察（1856-1895）〉，發表於「共同研究：近代東アジアにおける知の空間——日中学術概念史の比較研究」第5回共同研究会，日本京都：国際日本文化研究センター，2007-02-24。
• 潘光哲，2006，〈科舉體制下的「新學」傳播空間——以《沅湘通藝錄》為例〉，發表於「101：後科舉時代的反思」學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2006-12-21。
• 潘光哲，2006，〈研究近代東亞報刊史的一些初步想法〉，發表於「國民國家的近代性及其文化制度——以知識．學術．媒體．公論場為中心——」學術研討會，韓國漢城：成均館大學東亞學術院，2006-07-05。
• 潘光哲，2005，〈《獨立宣言》在中國：革命理念的「理論旅行」〉，發表於「現代性之政治反思」國際學術研討會，台北：中央研究院人文社會科學研究中心，2005-12-07。
• 潘光哲，2005，〈畫定「國族精神」的疆界：關於梁啟超《論中國學術思想變遷之大勢》的思考〉，發表於「思想史上的認同問題：國家、民族與文化」國際學術研討會，香港：香港中文大學中國文化研究所當代中國文化研究中心，2005-10-13。
• 潘光哲，2005，〈「封建」與“Feudalism”的相遇：「概念變遷」和「翻譯政治」的初步歷史考察〉，發表於「第26屆國際研究集會：東亞近代諸概念的成立」，日本京都：國際日本文化研究中心，2005-08-26。
• 潘光哲，2005，〈中國近代史的書寫問題：關於中國近代史知識的生產方式的一些思考〉，發表於「中國近代史的再思考：中央研究院近代史研究所創所五十週年」國際學術研討會，台北：中央研究院近代史研究所，2005-06-29 ~ 2005-07-01。
• 潘光哲，2005，〈封建、封建主義〉，發表於「公民社會基本政治社會觀念研究」workshop，台北市：行政院國科會「公民社會基本政治與社會觀念」研究計畫．中央研究院人文社會科學研究中心政治思想專題中心，2005-05-27。
• 潘光哲，2005，〈追索晚清閱讀史的一些想法：「知識倉庫、思想資源」與「概念變遷」〉，發表於「近代中國的出版、閱讀與思想文化」小型專題研討會，台北市：中央研究院歷史語言研究所文化思想史研究室，2005-05-24。
• 潘光哲，2004，〈開創「世界知識」的公共空間：以《時務報》的譯稿為例〉，共41頁頁，發表於「近代中國的知識建構，1600-1949國際學術研討會」，台北：台北：中央研究院近代史研究所，2004-11-25。
• 潘光哲，2004，〈傅斯年與吳晗〉，共22頁頁，發表於「傅斯年與中國文化國際學術研討會」，中國山東聊城：中國山東聊城：聊城大學（等主辦），2004-08-26。
• 潘光哲，2004，〈《時務報》和它的讀者〉，共41頁頁，發表於「第一屆近代中國思想與制度學研討會」，台北：台北：國立國父紀念館、國立政治大學歷史學系（聯合主辦），2004-07-31。
• 潘光哲，2004，〈詮釋「國父」：以羅香林的《國父家世源流考》為例〉，共12頁頁，發表於「香港史家與史學研討會」，香港：香港：浸會大學近代史研究中心暨香港中國近代史學會（聯合主辦），2004-06-11。
• 潘光哲，2004，〈「華盛頓神話」在晚清中國的創造與傳衍〉，共31頁頁，發表於「中國傳統政治智慧的再發現學術研討會」，台北：台北：台灣大學政治學系，2004-05-29。
• 潘光哲，2004，〈革命的理由：以美國《獨立宣言》在晚清中國流傳的脈絡探討孫中山的《中國問題的真解決——向美國人民的呼籲》〉，共26頁頁，發表於「第7屆孫中山與現代中國學術研討會」，台北：台北：國父紀念館，2004-03-26。
• 潘光哲，2004，〈建構近代中國史的敘事：「現代化」史學興起的思想脈〉，共19頁頁，發表於「史學．時代．世變：郭廷以與中國近代史研究學術研討會」，台北：台北：中央研究院近代史研究所，2004-01-13。
• 潘光哲，2003，〈西學衝激下的傳統士人：朱一新的西學知識〉，共19頁頁，發表於「中國近代知識轉型學術研討會」，台北：台北：中央研究院近代史研究所，2003-12-17。
• 潘光哲，2003，〈伯倫知理與梁啟超：思想脈絡的考察〉，共6頁頁，發表於「梁啟超與近代中國社會文化國際學術研討會」，天津：天津：南開大學歷史學院，2003-10-14。
• 潘光哲，2003，〈求索「真革命」：胡適的蘇聯經驗〉，共25頁頁，發表於「思想史上的個人、社會與國家」國際學術研討會，香港：香港：香港中文大學中國文化研究所當代中國文化研究中心，2003-10-10。
• 潘光哲，2003，〈郭沫若與王國維〉，共19頁頁，發表於「二十世紀中葉人文社會學術研討會」，台北：台北：東吳大學，2003-05-16。
• 潘光哲，2003，〈「國父」形象的歷史形成：一個初步的考察〉，共13頁頁，發表於「第6屆孫中山與現代中國學術研討會」，台北：台北：國父紀念館，2003-03-29。
• 潘光哲，2002，〈建構青年王韜的生命軌跡——《王韜青年文稿》導論〉，共9頁頁，發表於「第22次中國學國際學術大會」，韓國漢城：韓國漢城：韓國中國學會，2002-08-24。
• 潘光哲，2001，〈二十世紀中國學術史脈絡裡的「胡適研究」〉，共16頁頁，發表於「胡適與近代中國學術之建立與轉型」學術研討會，台北：台北：中央研究院近代史研究所，2001-12-17。
• 潘光哲，2001，〈關於「告別革命」的歷史書寫——以一九○三年為例的一些思考〉，共13頁頁，發表於「近代中國的改革與革命——紀念辛亥革命九十年學術座談會」，台北：台北：中國近代史學會，2001-09-29。
• 潘光哲，2001，〈追尋晚清中國「民主想像」的軌跡：若干初步的思考〉，共38頁頁，發表於「中國近現代思想的演變」國際學術研討會，香港：香港：香港中文大學中國文化研究所當代中國文化研究中心，2001-08-23。
• 潘光哲、薛化元，2001，〈西方概念與中國歷史：皇帝體制的「價值重估」——以當代「新儒家」的詮釋為例〉，共30頁頁，發表於「當代儒學主題研究計畫」，台北：台北：中央研究院中國文哲研究所，2001-03-14。
• 潘光哲，2001，〈歷史的合理化及其仲裁——黃仁宇史學的性格與它在廿世紀中國史學裡的位置〉，共20頁頁，發表於「黃仁宇史學研討會」，台北：台北：《中國時報．人間副刊》（等合辦），2001-01-06。
• 潘光哲，1995，〈張君勱對社會主義體制的觀察（1919～1922）〉，共33頁頁，發表於「第三屆張君勱先生思想研討會」，台北：台北：張君勱學會，1995-03-12。

學位論文

• 潘光哲，2000，〈近代中國「民主想像」的興起（1837～1895）〉，共407頁頁，歷史研究所博士論文，國立台灣大學。
• 潘光哲，1991，〈郭沫若與中國馬克思主義史學的發展：以《中國古代社會研究》為中心的討論〉，共236頁頁，歷史研究所碩士論文，國立政治大學。

他類論文

• 潘光哲，2006，〈中國近代轉型時期的「地理想像」（1895-1925）〉，《台北：中央研究院近代史研究所學術討論會論文》，20頁。
• 潘光哲，2005，〈封建、封建主義〉，《台北：行政院國科會「公民社會基本政治與社會觀念」研究計畫．中央研究院人文社會科學研究中心政治思想專題中心「公民社會基本政治社會觀念研究」workshop論文》，24頁。
• 潘光哲，2005，〈追索晚清閱讀史的一些想法：「知識倉庫、思想資源」與「概念變遷」〉，《台北：中央研究院歷史語言研究所文化思想史研究室「近代中國的出版、閱讀與思想文化小型專題研討會」論文》，22頁。
• 潘光哲，2004，〈書寫「民主經驗」與「民主想像」的見證——從《自由中國》的思考說起〉，台北：中央研究院近代史研究所《胡適研究群》討論會「《自由中國》與一九五○年代的台灣」論文，32頁。
• 潘光哲，2004，〈閱讀《作為意識形態的現代化》的一些想法〉，《台北：中央研究院近代史研究所「現代化理論之實踐與反思」討論會引言稿》，5頁。
• 潘光哲，2001，〈《小方壺齋輿地叢鈔》與晚清中國士人「認識世界」的「知識基礎」〉，《台北：中央研究院近代史研究所學術討論會論文》，100頁。

學術書評

• 潘光哲，2005，〈評張宇權，《思想與時代的落差——晚清外交官劉錫鴻研究》〉，《漢學研究》，第23卷第1期，頁509-513。
• 潘光哲，2005，〈「拯救」被「遺忘」的人物：曹天忠，《教育與社會改造——雷沛鴻與近代廣西教育及社會》〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第48期，頁197-202。
• 潘光哲，2002，〈穿過歷史與記憶的迷霧：閱讀鄭鴻生《青春之歌》的一些想法〉，《當代》，第173期，頁132-138。
• 潘光哲，2001，〈評介王汎森撰《傅斯年：史學與政治之間的一生》〉，《近代中國史研究通訊》，第32期，頁136-144。
• 潘光哲，1998，〈就在半夢半醒之間：評倪邦文，《自由者尋夢——“現代評論派”綜論》〉，《台灣歷史學會通訊》，第6期，頁74-81。
• 潘光哲，1996，〈台灣出版文化的省思：評張錫勤著《中國近代思想史》〉，《台灣歷史學會通訊》，第3期，頁11-17。
• 潘光哲，1996，〈走出意識形態的起點：《費正清論中國》述略〉，《台灣歷史學會通訊》，第2期，頁20-27。
• 潘光哲，1994，〈拓展美國憲政體制認識的新視野：評《制憲風雲：美國立憲奇蹟》〉，《歷史月刊》，第81期，頁111-114。
• 潘光哲，1994，〈評黃克武著《一個被放棄的選擇：梁啟超調適思想之研究》〉，《近代中國史研究通訊》，第18期，頁168-176。

資料彙編(含口述歷史)

• 潘光哲，2019，《容忍與自由：打開胡適思想世界的第一扇窗》，共373頁，臺北：台灣商務印書館股份有限公司。
• 潘光哲，2018，《胡適時論集．胡適全集》，共3314頁，臺北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，2017，《胡適與現代中國人權觀念資料彙編》，共428頁，臺北：國家人權博物館籌備處。
• 潘光哲注、導讀，2014，《中國民約精義》，共104頁，台北：文景書局有限公司。
• 潘光哲導讀，2013，《大革命家孫逸仙》，共58頁，台北：文景書局有限公司。
• 黃克武、游鑑明、潘光哲（等訪問），周維朋（等紀錄），2012，《蔣中正總統侍從人員訪問紀錄》，共1240頁，台北：中央研究院，近代史研究所。
• 黃自進、潘光哲, 2011, 蔣中正總統五記, 6冊 pages, 台北: 國史館.
• 游鑑明、黃克武、陳慈玉、潘光哲（等訪問），周維朋（等紀錄），2011，《台北榮民總醫院半世紀——口述歷史回顧．下篇：各部、科、中心主任及教授》，共688頁，台北：中央研究院，近代史研究所。
• 潘光哲，2011，傅正《自由中國》時期日記選編，共355頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲, 2011, 殷海光書信錄, 418 pages, 台北: 臺灣大學出版中心.
• 王汎森、潘光哲、吳政上，2011，《傅斯年遺札》，共1908頁，台北：中央研究院歷史語言研究所。
• 陳永發、沈懷玉、潘光哲（訪問），周維朋（紀錄），2010，《家事、國事、天下事——許倬雲院士一生回顧》，共618頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲，2009，《容忍與自由：胡適思想精選》，共250頁，台北：南方家園文化事業有限公司。
• 潘光哲、王泰升、陳儀深、許文堂、劉恆妏（訪問），溫楨文（紀錄），2007，《台灣法界耆宿口述歷史》第3輯，共266頁頁，台北：司法院。
• 潘光哲、蔡登山（訪問），2006，《徐芳女士訪問計畫》，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲、孫善豪（訪問），2006，《勞思光先生訪問計畫》，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲、王泰升、陳儀深、許文堂、劉恆妏（訪問），林志宏、溫楨文（紀錄），2006，《台灣法界耆宿口述歷史》第2輯，共252頁頁，台北：司法院。
• 潘光哲、賴賢宗（訪問），潘光哲（紀錄），2005，〈我與《思與言》：成中英先生訪問紀錄〉，《思與言》，第43卷3期（《思與言》雜誌口述歷史計畫之四），共頁217-225頁，無：無。
• 張啟雄、潘光哲（訪問），王景玲（紀錄），2005，《湯銘新先生訪問紀錄》，台北：中央研究院近代史研究所。
• 薛化元、潘光哲、劉季倫（訪問），梁雅惠（等紀錄），2004，《鄭欽仁先生訪談錄》，共326頁頁，台北：國史館。
• 潘光哲、王泰升、陳儀深（訪問），林志宏、任育德、劉恆妏（紀錄），2004，《台灣法界耆宿口述歷史》第1輯，共251頁頁，台北：司法院。
• 潘光哲（訪問），王景玲（紀錄），2004，〈陳存恭先生訪問紀錄〉，收入：陳儀深（等訪問），王景玲（等紀錄），《郭廷以先生門生故舊憶往錄》，共17頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲（訪問），王景玲（紀錄），2004，〈張存武先生訪問紀錄〉，收入：陳儀深（等訪問），王景玲（等紀錄），《郭廷以先生門生故舊憶往錄》，共14頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲（訪問），潘光哲（紀錄），2004，〈王爾敏先生訪問紀錄〉，收入：陳儀深（等訪問），王景玲（等紀錄），《郭廷以先生門生故舊憶往錄》，共43頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲（等選編），2004，《自由中國》選編6.——黨國體制的批判，共307頁頁，台北：稻鄉出版社。
• 潘光哲（等選編），2004，《自由中國》選編5.——地方自治、選舉與反對黨，共351頁頁，台北：稻鄉出版社。
• 潘光哲（訪問），潘光哲、唐琳（紀錄），2003，〈張存武先生訪問紀錄〉，《思與言》，第41卷4期（《思與言》雜誌口述歷史計畫之三），共頁259-272頁，無：無。
• 王爾敏、潘光哲（合編），2003，《郭廷以遺稿輯存》，《近代中國史研究通訊》，第36期，共66頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲（訪問），林志宏（紀錄），2003，〈李亦園先生訪問紀錄〉，《思與言》，第41卷3期（《思與言》雜誌口述歷史計畫之二），共頁195-214頁，無：無。
• 潘光哲（訪問），林志宏（紀錄），2003，〈胡佛先生訪問紀錄〉，《思與言》，第41卷2期（《思與言》雜誌口述歷史計畫之一），共頁271-289頁，無：無。
• 潘光哲、劉季倫、孫善豪（訪問），潘光哲、梁雅惠（紀錄），2002，《顧紹昌先生訪問紀錄》，共238頁頁，台北：國史館。
• 潘光哲（負責整理），2001，中央研究院歷史語言研究所藏王韜手稿：《蘅華館雜錄》，共無頁，無：無。
• 萬麗鵑（編註）、潘光哲（校閱），2001，《萬山不許一溪奔——胡適雷震來往書信選集》，共256頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 張忠棟．李永熾．林正弘（主編），劉季倫．薛化元．潘光哲（編輯），2001，《現代中國自由主義資料選編——9.自由經濟的主張》，共242頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟．李永熾．林正弘（主編），劉季倫．薛化元．潘光哲（編輯），2001，《現代中國自由主義資料選編—─8.基本自由與人權保障》，共596頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟．李永熾．林正弘（主編），劉季倫．薛化元．潘光哲（編輯），2001，《現代中國自由主義資料選編——7.民主．憲政．法治》，共1386頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟．李永熾．林正弘（主編），劉季倫．薛化元．潘光哲（編輯），2001，《現代中國自由主義資料選編——6.社會改革的思潮》，共549頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟、李永熾、林正弘（主編），劉季倫、薛化元、潘光哲（編輯），2001，《現代中國自由主義資料選編——5.科學精神與科學方法》，共392頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟、李永熾、林正弘（主編），劉季倫、薛化元、潘光哲（編輯），2000，《現代中國自由主義資料選編——4.文化的道路》，共466頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟、李永熾、林正弘（主編），劉季倫、薛化元、潘光哲（編輯），2000，《現代中國自由主義資料選編——3.教育獨立與學術自由》，共465頁頁，台北：唐山出版社。
• 孔祥吉、潘光哲，1999，〈新發現的一篇陳熾重要遺稿〉，《近代中國史研究通訊》，第28期，共17頁（頁133-149）頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 張忠棟、李永熾、林正弘（主編），劉季倫、薛化元、潘光哲（編輯），1999，《現代中國自由主義資料選編——2.「五四」與學生運動》，共329頁頁，台北：唐山出版社。
• 張忠棟、李永熾、林正弘（主編），劉季倫、薛化元、潘光哲（編輯），1999，《現代中國自由主義資料選編——1.什麼是自由主義》，共403頁頁，台北：唐山出版社。
• 陳存恭、潘光哲（訪問），潘光哲（紀錄），1998，《劉象山先生訪問紀錄》，共139頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 計畫主持人：王汎森、杜正勝，潘光哲參與, 1995, 中央研究院歷史語言研究所藏《傅斯年檔案》整理, 無 pages, 無: 無.
• 張朋園、楊翠華、沈松僑（訪問），潘光哲（紀錄），1994，《任以都先生訪問紀錄》，共209頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 張瑞德、朱浤源（訪問），潘光哲、蔡說麗（聯合紀錄），1994，《羅友倫將軍訪問紀錄》，共366頁頁，台北：中央研究院近代史研究所。
• 潘光哲（訪問），潘光哲（紀錄），1994，《嘉農口述歷史》，共232頁頁，嘉義：國立嘉義農專校友會。
• 陳三井、朱浤源（訪問），潘光哲（紀錄），《李煥先生訪問紀錄》，台北：中央研究院近代史研究所。