「紀念館基金有限，利息收入微薄，實無法維持其正常業務。……惟以紀念館名義無法列入正式預算，為經久之計，必須使其制度化。現可考慮之方式：１‧由院長提請評議會通過，報府核准，成立機構，為中研院一個正式單位。２‧由本院有關單位或史語所或近史所實際隸屬，所有預算即由該所編列。」

　　經與會委員詳加討論後，將上述兩種方式，報請院長核提七十六年五月二十三日第十三屆評議會第一次會議討論。評議會決議：

「第（１）方式，牽涉到本院組織法，須經立法程序，目前不宜考慮。故決採第（２）方式，即：紀念館的人事、修繕、維護等費，仍由本院總務組負責﹔學術研究及胡適先生著述整理工作，將由史語所、近史所擬出工作計畫，特聘研究人員，由本院申請編制名額，分在該兩所工作。詳細辦法由院長與史語所、近史所及胡適紀念館管理委員會會商之。」

　　其中「特聘研究人員」，於七十七年九月獲得解決（見上節），惟在制度上仍未定位。八十三年七月舉行第二十一次院士會議時，李遠哲甫接任院長半年，各方對他期望甚高，而我再度奉調至總辦事處兼任秘書主任，由於工作上的便利，特再委請人文組院士代提一案，冀能有所促成。原案為：

「建議院方將胡適紀念館在制度上給予定位。有兩種可能方式，一是單獨編制，二是附屬在歷史語言研究所或近代史研究所之下。」

　　經李院長說明：「接受建議，院方將設法處理。」一拖又是三年多。直到八十六年十月，才奉到院方指示：「先由紀念館管理委員會根據院士會議決議案提出具體可行之辦法，再報院採擇實行。」管理委員會於八十六年十一月四日舉行第七十一次會議，就紀念館定位問題詳加討論後，決議：

「1建議李院長於本院組織法修法時，將本館納入編制。
2在納入本院正式編制之前，建議暫時將本館隸屬於近代史研究所，並保留紀念館原　　來名義及體制。」

　　將上項決議報院後，嗣經楊國樞副院長於八十六年十一月十一日，邀請近史所呂芳上所長及總辦事處各有關單位主管舉行「胡適紀念館在制度上定位問題」協調會，獲致四項結論：

「(１)關於本院組織法修法時將本館納入編制此一方案，因組織法修法業已報院務會議討論大致定案，胡適紀念館並未單獨編制，故不予考慮。擬採第二方案，將胡適紀念館隸屬於近史所。
(２)仍保留紀念館原來名義，惟原『管理委員會』建議改為『指導委員會』。
(３)現有兩位研究人員仍歸屬於近史所及史語所。另行政人員及工友之歸建 在不影響胡適紀念館之運作及近史所財務負擔下，逐步辦理。
(４)有關該館財產及基金歸屬問題，俟該館歸併於近史所後再予處理。」

　　近史所於八十六年十一月二十七日舉行八十六學年度第二次所務會議，就協調會之四項結論討論後，決議：「通過納入本所編制。」再經提報八十六年十二月十八日第六次院務會議討論，決議：「通過」。八十七年元月十九日，管理委員會主任委員呂實強代表紀念館與近史所呂芳上所長舉行交接儀式。至是，紀念館在制度上定位問題，暫時獲得解決。
民國八十九年九月十四日，李遠哲院長聘中研院近代史研究所研究員楊翠華兼館主任，即積極展開規劃。其重要措施有：1.改善陳列室空調、光源設備，規劃展覽主題，於九十年十二月十七日胡適一一○歲誕辰紀念日重新開放，換展以常設展為主，首先推出「胡適與雷震特展」。2.館藏檔案數位化典藏與應用工作，其重點有二：其一，將已出版的《胡適日記‧手稿本》重新校正編排，轉製Web流通的數位檔。其二，將以往初編的「美國檔」、「南港檔」等資料與目錄約七千餘件，重新清點，經掃瞄、查驗，確立共通的檔案目錄格式，並建置胡適檔案Metadata資料庫。均在九十一年底陸續開放。並將繼續整建未編目的檔案資料﹔規劃相片、影音檔案的數位化典藏，策劃觸控式多媒體展示，以及定期更新紀念館網頁。3.與近代史研究所合辦有關胡適之學術研討會，並推展與績溪上庄胡適故居以及各相關學術單位之交流。4.加強管理大陸出版胡適著作的版權，藉以監督其編印品質。